二値とグレスケが混合している原稿、ということでよろしいでしょうか？

二値とグレスケが混同していても受け付けてくれる印刷所さんはあるので、その場合はそのままでも大丈夫だと思います。(グレスケでの入稿になります)

ただ、そうじゃない印刷所さんもあるので、トピ主さんが予定している印刷所さんに直接きくことをオススメします。ここできくよりその方が確実です。

以下は私の体験談ですが、特に問題はなかったです。

・主線とベタやトーンを二値
・主線の一部とベタの一部をグレスケ
・グレスケ入稿(金●印刷さん)

わたしも本にするときはトーン派
グレスケは一見きれいだけど、メリハリがなくてのっぺりしがちだから。
クリスタ使ってるならレイヤープロパテイ⇒効果のトーン化を選択でトーン化できます
どうしても心配だったらお金はかかるけど試し刷りされるのをおススメします
一気に不安が解消されます

グレスケとトーン（２値）の混合は問題ないけど主線がグレスケだと不自然になることが多い気がします
たとえるなら線画の色は薄いのに塗りだけはっきりしているような感じです…
主線をモノクロ化できるならした方がいいかもしれないです
買った本で主線がグレスケというか薄い感じの本何度か見たことあり、見る側としてはめちゃくちゃ見づらいわけじゃないんですけど出した本人なら失敗したと思うレベルなんじゃないかなあ…と思ったことがあります

G5zunRDBです。

＞「グレスケで塗った上に網点トーンを貼るとモアレの原因になるかも」

これ私のときも書いてありました。
どうしてもグレスケ上に網点トーンを使用したい描写があったので、各ページで実験(1ページにつき目立たない1コマだけグレスケ上に網点トーンを使用)してみたことがあります。私の場合は特に問題がなかったので、その後も描き続けています。

もし、トピ主さんもグレスケ主線やトーンにこだわりがあるのでしたら、仮に今回は二値線画で入稿するとしても、後学のために各ページ1コマずつでもいいので気になる点はあらかた実験してみるといいかもしれません。