ジャンルの流行や規模にもかなり左右されると思うので、参考程度に。
私がいるのは、流行が過ぎ、のんびり安定してきた長寿ジャンルの腐向け二次小説です。
私の場合、最低一ヶ月は上げておきます。ただ、その期間に動くのは、体感としてそれまでに出た分の一割弱程度（100出れば10くらい）です。
それでも一ヶ月上げておくのは、ほぼクレーム対策です。再録を頒布するにしても、一ヶ月も通販開いてた事実があれば、大抵の問題には対処できるかなと考えて。
けれど別のサークルさんは一週間程度で締め切るところもいらっしゃいますし、逆にずっと在庫残しておくタイプの人もいます。
トピ主さんも、トピ主さんの都合に合わせたタイミングで閉めて大丈夫なんじゃないかなと思います。
もし心配なら、閉める一週間くらい前に、boothのお店ページで「通頒○○日までです」などと告知すると少し親切かもしれないですね。