自分の場合、ベタは主線と同じレイヤーですが、トーンは線画レイヤーの上に重ねてます
理由は、線画の上に白トーンを乗せることもあるので、線画を下にするルールで統一しておいた方がスムーズだからです

私は「主線→ベタ・トーン」だけど、作業効率考えると「ベタ・トーン→主線」の方が速いと思う

線画の上にトーンやベタレイヤー乗せる時は、レイヤーの合成モードを「乗算」にしとくと捗るよー

作業効率的に上…ベタ・トーン、下…線画
トーンは乗算で置いてる
トーンとか線画が終わった後に作業するものを線画より下に置いておくとレイヤー選択でいちいち下の方を選んでタップしないといけないのが面倒
作業するレイヤーを一番上に置いておきたい

トピ主ではないのですが、私も線画の下にベタやトーンのレイヤーを置いていました。新規レイヤー作成すると上に新しいものができるので、線画の上にベタ、トーンレイヤーがあるのが自然なのかな、と思えてきました
上のコメの通り、レイヤー設定を乗算にするのはどんな効果があるのでしょうか？

主線もレイヤー一枚じゃないから
考えるの面倒でどんどん上にレイヤー作っていくから主線→レイヤーかな
どっちでやっても変わらないからどっちでもいいんじゃ？って思う

特別なことしない限りどっちにしろ上に置く方に乗算かければ同じことだから、メリットデメリットは特にないと思う。
自分は「線画・ベタ（通常）」→「トーン（通常）」だな。

あらかじめ使うトーンを入れたフォルダを素材登録した上で、線画レイヤーの下にトーンレイヤー置いてる
色塗りと同じ感覚でやってるので線画の上にトーン貼るって概念がなかった……
それでページの処理10分〜30分ぐらい
バケツ機能使うと早いし、全面にトーン貼った後一旦消せばそのレイヤーはペンツールでもトーン貼れるし特にデメリットは感じてない

逆になんでわざわざ線画の下にベタトーン置くんだろう？
作業の順番的に上に来るかなって思うし
どちらでやっても出来は同じなのに何故わざわざってちょっと疑問

自分も色塗りの感覚で線画の下に置いてる
でもトーンはるときって上のほうにレイヤー置換されるから、いつもわざわざ下に持ってくるの面倒だなと思ってた（説明下手でごめん）

前は線画の下にトーンレイヤー作ってました！
理由は同じくです。でも線画のところに下地付きの素材を貼った時に、その下にトーンだとそこだけ白のままになるので上に置くようになりました
レイヤーセット組んでおくと色塗りと区別できて楽ですよ〜

自分は線画の修正に白を使うから、下にベタやトーン置くと白が見えてしまうから上に置く一択
真っ先にそれが理由に出てくると思ったからなくてびっくりしたんだけど、コミスタ特有の問題なのかな…たぶんみんなクリスタだよね

前はトーンが線画より上だったけど今は下にしてる。
2色ペンで描いた線画の上にトーンレイヤーを置くと2色ペンのホワイト部分にもトーンが乗っちゃうから。

トピ主です。
ベタ・トーンを下に置いている方も結構いて、皆さんそれぞれ使いやすいようにされてるみたいですね。
自分の制作過程に合っていれば上も下も変わらないのかなと思いました。
参考にさせていただきます。ありがとうございました！