私の場合ですけど特殊装丁（色刷りが特殊装丁かはわかりませんが）って完全に自己満足だと思ってるので価格に上乗せしません。
というか同人誌の価格設定って基本的に原価割れしないようっていうよりジャンルの相場で設定するものだと思ってるんですけど違うんですかね？
それでも特殊装丁のため価格高くなりますなんて人もそれなりには見かけますので好きにすればいいと思います。
特殊装丁なんて自己満足なんだから価格に反映させるなと思う人もいるでしょうけど、特殊装丁だから高いんだ〜くらいで特に気にせず買ってくれる人もいるはずなので。
私は好きな作家さんなら多少割高でも多分買うし、素敵な装丁だったら気にしません。でもあんまり高過ぎたら多分買わないので、「特殊装丁じゃなくていいからもう少し安ければな〜」と思うことはあるかも。

私の気になっていたセットが特殊紙&色刷というものだったので、プラスで予算がかかるオプションや特殊装丁としての認識が弱くなっていました。これを基準に色刷りって高いものなのかと思っていました。(特殊紙についてはセット料金なのかなと特殊装丁としては深く考えていませんでした。)
特殊装丁に値段がかかり、この価格を上乗せしない人が多いということを知りました。

残念ながらこのセットは早割り適応外だったので原価を抑えることはできません。今後はそういった締切にも早めに目を向けておこうと思います。

自ジャンルは私の書いた相場よりも高めではあるので、突出しすぎないくらいの価格、ただし原価割れは仕方ない(完売したとしても赤字)という値段設定にしようと思います。
少部数とはいえ需要が全く分かりませんし、私が自分の本を欲しいんだ！という気持ちを大切にしたいと思います。原価割れは良くないというのを目にしたことがあったのを変に意識してしまっていました。

皆さまのご意見とても参考になりました。ありがとうございます。