トピ主さんが主にお使いのペン（インク）が何と何の組み合わせなのかわからないので、共通の知識として。
インクに関してですが、顔料・染料・水性・油性・耐水性・アルコールなどの特徴を調べておくと良いと思います。
例えば、油性のペンは水彩絵具だと滲みませんがコピックなどのアルコールマーカーだと滲んでしまいます。
あとは紙との相性もあるので、いろんな組み合わせを試してみるのがおすすめです。

滲みやムラは紙と画材の相性が出るよ
ペンは水彩に強いものやアルコールに強いものがあって、コピックなんかは専用の紙とペンもを出してるから一式買ってみたらいいかも
水彩は絵の具の水分量も関係してて人によって結構好みが分かれたりするから、個人的には紙にペンを合わせるというよりペンに合う紙を調べて探したほうがいいと思う

滲み対策としては私はシャーペンや0.05のコピックマルチライナーでうっすら主線を描いた時点で塗って、仕上げとして上から線画を描いたりするよ
色のはみ出しも修正しやすいし滲まなくておすすめ

どの画材で塗りたいかを描いた方がアドバイス貰いやすいと思うよ～
コピック水彩カラーインクとかそれぞれで違うものだからね。汎用性の高い線画向けのペンなら個人的にはコピックのマルチライナーがオススメ、カラバリも太さも色々あったはず

画材は何を使ってるんだろう？2コメさんの仰る通り組み合わせで滲んだり滲まなかったりがあるんで自分が使ってる画材が何なのかを調べてみると良いと思う。

ちなみに自分は難しい事考えるのめんどくせ～～！って思っちゃう雑な人間なので、水彩なんだけど鉛筆で線画を描く→色を塗る→線画を描き起こす…ってやってる。線画を一番上に書くのでまずにじまないよ。
鉛筆もは柔らかい奴だと色塗った時に散って汚い色になるので、硬めのがオススメ。自分はFをメインで使ってる。

質問が曖昧過ぎる
皆が言ってるように何を使いたいのか、何を使ってみてなぜ滲むのか、とか書かないと分からないって
一回自分で調べてみた？何でも丸投げすんなや