解釈違いの内容にもよるけど、そこをスルーしてもいいんだったら、自分の感想嬉しかったという感情だけでお礼するのはどうでしょう？
私も自作に（そこまで考えて描いてないんだけどな…）という場面がすごく刺さった人から、あれはあれでこういうあれがあれーーー！みたいな深読み感想頂いたことがあるんですが、気に入っていただけて嬉しいです（はぁと）ってふんわり返しましたよ。

違うなら違うと伝えたうえで感想への喜びもそのまま添えればいいのでは？「私の意図はこうでしたがその解釈も素敵ですね！感想とても嬉しいです」みたいな返信することあるけど別に拗れたことはないですね〜。
なまじ解釈違いの内容に全肯定するような返事してしまったらお相手がいずれまた解釈の合わない感想をくれるようになってしまう可能性もありますよね。スルーしてほしいというのはたぶん気遣いと言葉のアヤで本当に無反応だとそれはそれでショックを受けるのが人情な気がします。

スルーしてほしいっていうのは「毒マロだ！って騒がないでください」の意味じゃない？
嬉しいならやんわり解釈間違ってるって言いつつ返していいと思う

私なら解釈違いますはなんか当てつけっぽくなっちゃうかなと思ってやめるかな
感想嬉しいってことと、読み込んで色々考えてくれてること嬉しいって感じで無難に返事する
そもそも解釈なんて読んだ人の好きにしてって思うし

お相手の感想に解釈違いの部分以外触れるところは無いのでしょうか？〇〇の表情が良かったとか他の感想があればそこだけ触れるとか…
3コメさんのように「その解釈も素敵ですね」は自分も使うことあります

解釈違いを「そういう意図でした」だけはトピ主が疲弊してしまいそうなので、やめたほうが良いと思います

お互いに悪意がないことは伝わると思うけど、わざわざ書き手が意図してなかった解釈だということを伝えられると「作者の意図したことが読み取れなかった」として恥ずかしくなっちゃうかも
自分だったら作品から多くのことを感じ取ってくれて嬉しいって返すかな