トピ主がそこまで悩んで削れないし縮められないというからには本当にそれだけのページを使わないと描けないテーマなんだろうし、省略しなくていいんじゃないかな
短い本を描くためにテーマは変えなくてもいいし、そんなメッセージ無視していい。私も壮大な話思いつきやすいほうだけど、描きたいんだから仕方ないし買えない人は買わなくていいと思う
とはいえ実際に内容をみないとなんとも言えないので、出張編集部にそのまま相談したほうがいい
助言あるとすれば、漫画描くときって普段読んでいる漫画が指標になるから、濃密な漫画を読みこんで意識を変える。あと冒頭の省略。話をABCDの時系列でみたとき、AじゃなくBから始めてAの部分は説明で補完するよ

PDCAをしっかり回す。折角過去の本を読んで「話がスカスカ」と客観視できるようになったのだから、何処をどう直したらスカスカにならなかったかきっちり赤を入れて知見を貯めていく。
今まさに執筆中のやつは思い入れが強すぎてすぐさま的確に削るのは自分一人の力では難しいと思う。
繰り返せば絶対に「自分がどういう無駄が多いか」が見えてくる筈だから。

あとは、一旦ページ数を先に決めた方がいいと思う。同人誌だから最終的に調節で数ページは増えてもいいけど、一度起承転結でここまでに何ページ、何ページあたりでクライマックス、オチにこれくらい、って決めておく。
そこに入らないならどんなに惜しくても削る。（どうしてもならおまけペーパーにする）

全てはクライマックスを引き立てるためにあるので、クライマックスに向けて必要な要素だけを拾っていけば自ずとシーンは選べる筈だよ。話が食い違うのは、設定をそのまま全部書かないといけないと思ってるからだと思う。
話の筋が通るために必要な「設定」は必ずしも読者に開示しなくていいし、説明が必要でも回想一コマとかセリフ一つで「話の整合性は取れる筈だよ。そこで沢山のページが必要ならそれは必要なんじゃなくてトピ主が「かきたい」んだとおもう。
そういうの自覚するのって難しいから、可能ならネーム時点で誰かに下読みしてもらうといいかも。