意見が分かれるかもしれませんが、絶対やってはいけないのは電子書籍です。これをやったらまず間違いなくジャンル内の同人サークルから嫌われます。理由は検索してお調べください。
あと、同人誌の値段を極端に安い値段にするのも疎まれます。
なぜかというと、仮にあなたが真面目にしっかりペン入れし、精魂込めた内容で40ページ描き上げて、その本をほとんど黒字が出ないようなものをと気を使って400円程度で売ったとしましょう。そうすると、同じ内容でそれ以上の値段をつけにくくなるんですね。
で、交通費も食費も宿泊費もスペース代もかからないあなたにとってはなんでもない数字かもしれませんが……
早割か割増か、オフセかオンデマか、印刷所や部数によっても数字は変わってきますが、まともにスペース代払ったり遠征して交通費や宿泊費がかかれば、ギリギリ赤字になるかならないかの金額です。時々、サークル側の苦労や画力や交通費、参加費を度外視で値段を色眼鏡で見る人いる人っているんですよね……狭い界隈ならなおさらです。

本を出すなとは言いません。実際、本を作って通販のみで配布しているサークルさんは確かにいます。
ですが、頻度によると思います。ほんの数回で本当に時々なら事情があるんだろうなと思いますが、いくらそのジャンルやCPが好きでもけっこうな頻度で何冊も本を出して、一度さえも、まったくのイベント不参加なら、ちょっとは参加してスペース代払ったらどうなんだとは思います。
よっぽど山奥なのか知りませんが、マンガを描いて本を出すお金と時間があるなら、一度くらいイベント参加することできるんじゃないのかって思いますね……繰り返しますが、何度もこれやるのは考えた方がいいと思います。

ま、まじか〜〜〜〜！！！そんなふうに思う人いたのか！！！いや嫌味じゃなくて気をつけるし覚えておく！！！＞ちょっとは参加してスペース代払ったらどうなんだとは思います
でもまあこういうのは決めの問題なんで、どう思われるかを考えてるとホントにキリがないんだよね　上のように考える方もいるし、私だと単に「会場に行くのが大好き〜〜！！」ってタイプだし、たぶん自分が予想もつかないようなこと考えてる人もいると思うよ
ていうかもう、利益大幅に出るのはよろしくない〜と安くつけすぎるのよくない〜の時点で相反してるじゃんね　どっちも合ってるんだけどさ　ハッキリ言うと1000部クラスの人にとってサークル参加費なんて誤差の範囲内だしね　そうすると今度はノベルティとかの調整になってくるじゃん　もはやスペース代出して参加してるかなんて好みの問題だと私は思うんだけどな、どこで帳尻合わせるかの問題やで　私ももし沖縄住んでたら「むちゃいうなや」って思うもん　人に会いたくないけど同人活動したい時期だってあるしな
だからたぶんいまどういうふうに（どんな値付けしても、どんな参加の仕方しても）文句言われないパターンなんて存在しないから、僻地ぐらしでも本を出したらいいと思うんだなあ　そこまで冷静にアレコレ考えたんだったら即アウトな地雷は踏まないと思うし、あとはタフな心を持って同人活動しようぜ〜〜！！！

他の方の書くとおり、電子はやめたほうがいいです。
紙の本を作る前提で、通販のみで価格帯を相場に合わせつつ利益を極力抑える方法を紹介します。

１、装丁に凝る
本の価格の相場は基本的に装丁には左右されずページ数に準拠します。なので相場の価格内で原価を上げるなら、高い用紙を使ったり特殊装丁もりもりにするのが手っ取り早いです。

２、梱包資材にお金をかける
BOOTHの自家通販での発送の場合、梱包は自分でやりますよね？
お高めの厚紙封筒を使うだけで経費は一気に増えます。

通販ページにどんな装丁の本か、とか「発送は水濡れ対策用に袋に入れたのち、厚紙封筒に入れて発送致します」とか書いてあれば、
「こういうところにお金がかかっているんだな」で納得します。
あとは本を作るついでにフルカラー印刷のポストカードでも一緒に発注してノベルティとして一緒につけたらいいんじゃないですかね？
お金をかけて原価を上げる方法なんていくらでもあるので、ページ数を基準にした相場に合わせた頒布価格にするのがいいと思います。

同人活動は、趣味でやっているなら迷惑をかけない限り自由だと思います。
ただ、なんで通販だけなんだ、と思う人はいるということは心の片隅に置いておくのがいいかもですね。
界隈の創作する人と交流したいなら特に。

自分の同人誌を電子で頒布することは、一次創作ならむしろどんどんやっていいと思います。
犯罪ギリギリになってしまうのは、二次創作の電子書籍ですね…
たまにやってる方いますけど、避けた方がいいです。
最悪の場合、公式から訴えられます。

あと、二次創作の儲けで暮らしている という方もいるみたいですね。
そういうのも、自己責任だよなぁと思います。
何かトラブルがあっても、自分で何でも責任を取る！という覚悟があれば、まあ…止めないよ…って感じです。

本を作ってイベント参加せずに通販のみで頒布、二次創作電子書籍でなければアリだと思います。
実際、個人的な話ですが私は地方民で何度か大都市のイベントに出ていましたが流石に一年に何度もは金銭的に辛いので、もう通販限定で良いかなと思い始めてきたくらいです。
事情が色々あり(イベントに地雷CPがあるとか、遠出できない、人前に出たくないなど)通販限定してる方は結構見かけますよ。
今は書店委託もすぐにできちゃいますし、なんならスタジオY●Uなんかはイベントに委託頒布なんかもありますし。
印刷費だけでも赤字になることだってありますし、スペース代気にされるのであれば通販の送料は負担するとか、そういうやり方もあるでしょうし、全然アリだと思います