漫画そのものの技量の話ではなく、ストーリーが主ということでコメント失礼致します。

私の場合は元々が字書きで、プロットを立てて起承転結をしっかり決めてから漫画に取り掛かっています。
例えばABがくっつく話だとしたら
まず起承転結を決めて、そこから細かくシーンを割り出します。

シーンA
ABが〜する感じ。
嬉しいのに寂しく思ってしまうBと、その気持ちに気づいているA。
「印象的なセリフ」
「印象的なセリフ」
↓
シーンB……

という感じです。
そしてそのシーンごとにネームを切り、そこから原稿に入ります。きちんとまとめているので、ネームから構図の変更などはほぼないです。ネーム自体は36Pの漫画で二日間で終わりました。
漫画の技量に関してはまだまだなのですが、友人やフォロワーさんからストーリーがしっかりしついるという感想を頂いたことがあります。

ストーリー自体ですが、まずふっと印象的なセリフが1つ浮かんできます。
例えば、「居なくなるのはお前の方だったな」というセリフと共に一枚、漫画のコマ割りとかが浮かんでくる感じです。
それを元に帰納法的にストーリーを作っていきます。
なぜそのセリフを言うに至ったのか？
AとBの関係性は？
AとBの心情は？という感じで考えていくうちにパパパッと起承転結が決まります。逆にこれが決まらない作品は難産になるので、出来もイマイチになることが多いです……あくまで個人の体験ですが。

あとは根本となる解釈をストーリーの軸として必ず入れますね。
先程の「居なくなるのはお前の方だったな」というセリフなら、ABのBはある日ふっと消えそうだと公式から言われたことがあるが、実はAの方なのでは？という感じで。
私自身がよく地獄の推しカプ(但しハピエン厨)を作ってしまう黄昏の民なのでもしトピ主さんがハッピー推しカプの民の方なら参考にならないかもしれないのですが、一応書き込みしておきます。

起承転結を作ることを前提にします。
まず1番描きたいシーンもしくはセリフ、事象を1つ用意します。それが起承転結のどこに当たるかを考えます。その後その前後に肉付けしていきます。
ぼんやりとこんなのが描きたいな〜から、頭から順番に書き出していくと内容がズレたりあれもこれもと盛り込み過ぎてまとまりが無くなります。
1番描きたいシーンをピックアップする→起承転結のどこに当てはまるかかんがえる→それがラストシーンでない場合はラストシーンを考える(ハピエンかバドエンか、満面の笑みで終わるのか、泣きながらの笑顔なのか、後ろ姿で手を繋ぐカットなのかなどなんでもいいです)→ストーリーとなるよう前後に肉付け。
そして1番描きたいシーンは、それを読んだ読者にどういう気持ちになって欲しいのかも明確に決めておきます。その感情へ誘導出来るよう、或いは煽れるような前後にします。
という感じで描いています。

まず
「◯◯ができなかった主人公Aが、最終的に◯◯できるようになる話」
と、一文で語れるあらすじを作る。
ディ◯ニーとかピ◯サーとか限られた尺で必ずお客を感動させる作品には大体こういうわかりやすい、ストーリーの一本柱がある。

次に
「どうしてAは◯◯できないのか」…ことの発端や原因
「どんな出来事をきっかけに◯◯できるようになるか」…障害や解決法
を考えて、自分の好きな順番ではじめと終わりの間に並べていく。この、結末に至るまでの「出来事」を増やすほどに長いお話になっていくよ。
出来事にはいろいろあるよね。
カプ相手のBとの会話だったり、ライバルとの切磋琢磨だったり、突発的な事故に遭遇したり、Aが頑張ってもうまくいかなくてくじけかける、言わせたい会話やセリフと、それを引き出すために必要な場面とか、そういうこと。描きたいシチュの盛り込みどころです。
ここで詰め込みすぎない方がいいのは、上記の方々も言ってるとおり。惜しいエピソードが思い浮かんだら次の、ほかのお話で使ったりもできる。

さらにここに、主人公Aだけじゃなく、カプ相手のBにも同じく克服•解決すべき問題を作ってそれを一緒に描いていくとより複雑なお話をつくれるから、それでも尺を伸ばすことができる。

……という具合に、まずはスタートとゴールをきめて、次にそこにいたるまでの障害がいくつあるか、どんな場面を描きたいかを固めていくのが私が作りやすいと思う方法です。
漫画の描画の部分、見せ方やテクニックについてはいくらでもハウトゥー本があるので、それを参考にしたらいいんじゃないかな。がんばって〜。