私なら1です。続篇出す場合は少数でも前巻を再販されている人が多いように思いますし、その方が新規の人も手を取ってくれる可能性が上がります。再販するなら前回の部数より少なめにされると良いのでは？

2は注文があれば一冊ずつ発注するって意味ですよね？在庫リスクは少ないですがジャンルによっては利益を追求してると叩かれることもあるので、あまりオススメはしません。
3はいつ発行したかによりますが、あまり期間が空いていないとせっかく買ったのにすぐ再録あるならもう買わないと思う方がいるので、特にやめた方が良いと思います

マイナージャンルのオンリーカプで続編つきの長編書いてくれてる人がいるなんてうらやましい〜！！　いいですね！！　原稿がんばってください〜！！　分厚い本があるとジャンルにしあわせがふえますねえ
そういうカプってことはたぶん初版部数も少なかったんですかね？　少ない部数の戦いになってくるときは、私だと「赤字にならないで刷れる冊数（ぶあつい本だと冊数少ないとマジで原価割りますよね）」のライン瀬戸際なのであれば、２の製本直送にするかもしれません。
ただ、マイナージャンルって需要の増減がもともと少ないので、年単位で在庫持っててもいいや〜って思うので、私なら「最悪持ち出しになっても諦めのつく金額」までちょっと多めに刷ります。いまだとbooth（通販）に気軽に並べておけますしね！
長編の原稿がんばです！　ファイオー！

二次創作の本の有償頒布は、いちおう建前としてはざっくり「自分と仲間内のために作ったもののおすそ分け」という立ち位置になるかと思います。その点で、2の1冊ずつ受注生産するタイプの製本はそういうところに敏感な人にとってはちょっと印象が良くないかもしれません…
コスト的なところは悩ましいと思いますが、よほど身内だけで受け付けるのでなければ1の通常発注の方が安心かなと思います！

皆様コメントありがとうございます！
2については、同ジャンルで活動されてた人でそういう風にしている人がいたのですが、ジャンルや人によっては難しく受け取られる可能性があるのだなと思いました。
再販に関するアンケもしてみながら検討してみます。