程度にもよるんじゃないかなと思います。
「推しの欠点すら愛しい」という感情自体はそんなに珍しいものでもないと思いますしね。おバカなところが癒される、冷酷なところがカッコいい、クズなところが最高…みたいな。

でも、例えば「おバカだけど優しい」というキャラなのに、「優しい」という部分には全く触れずずっと「おバカ」というところを強調してるような人は、確かに見ててあまり気持ち良くはないですね…。
もちろん、それも自由だと思うので、ただ同じキャラが好きな場合は見てて辛いから自衛ミュートや自衛ブロックするってだけですが。

そこまでではない、「欠点すら愛しい」程度のものであれば、私は全然理解できます。
むしろ、「推しのことおバカって言わないでほしい」って言ってる人がいたら、「実際原作でもそういう設定なんだから、欠点も愛してあげなよ…」と思うくらいです。もちろんこちらも程度によりますね。

作品にも反映されてるか、という点に関しては、
推しの欠点が好きなんだろうなあという人が描・書く話は、欠点すら魅力的に書かれてる場合が多くて、推しをますます好きになれる気がします。
臭いものには蓋と言わんばかりに原作にある欠点の設定を無視して美化して描・書かれてるものよりも、個人的には好きです。
でも、全てがそうとは限らないので、中には「欠点を魅力的に描く」ではなく、「欠点をより酷いものとして描く」ような作品もあるのかもしれません。
少なくともトピ主さんが遭遇した、良かった話というのは、前者の「欠点を魅力的に描く」方だったのかなと感じました。

追コメお答えありがとうございます。

その人が何故そんなに貶すのかを考えてみました。推しの欠点(なのかどうか、私はそう思わない所)が気に入らない、許せないタイプのようでその反動で「欠点を魅力的に描く」＝良作をつくれているのかなと感じました。

なので「この人はちゃんとキャラのことを見ている人だな」なのだと思います。
そのキャラの事を好きすぎるが故にその欠点を認められない?のかもしれませんね。
ある意味厄介かつ自分で自分を追い詰めてしんどいだろうに。
公式や周りと自分との解釈が合わないから拗らせてしまったのですかね…。

バカ、ブスなどの暴言は決して言わない人ですが「〇〇はこうじゃねーんだよ！以下貶し文うんたらかをたら」のような否定型貶し愛を時々Twitterで爆発させてます。
嫌いとまではいかないのですがむしろこの人こんなんでメンタル大丈夫かと他人事ながら心配になりますね。