ジャンルによってもまちまちだとは思いますが同人誌で漫画だとB5、小説だとA5が多いという印象です。
ただ、A4同人誌はあまり見かけないですね……
プロ作家さんが同人誌として出したイラスト集でA4！といったものはたまーにありますが、大抵はフルカラーイラスト集でもB5が主流のように思います。

漫画・イラスト系だとやはり読み手目線だと「大きい画面で絵を見たい」という気持ちがあるので、B5が嬉しいですね〜

【メリット】
・絵が大きくて見やすい
・セリフも大きめなので単純に読みやすい
・大抵の同人誌はB5サイズなので収納のときに整理整頓がラク
・B5サイズ＝漫画やイラスト本という印象があるので手に取りやすい(A5サイズ＝小説同人誌、という印象が強いので気が付かずにスルーしてしまう時がある)
・主流のサイズなので、印刷所各社でもプランが1番豊富。他サイズよりも選択肢多め

【デメリット】
・本のサイズがデカいので在庫が残った時、A5サイズ本よりは確実に場所を取る。ダンボールもデカい
・印刷所によってはA5と比べるとB5は印刷費が嵩む(最近はA5・B5同額なところも結構ありますが…)

おすすめ印刷所に関しては、オフセット？オンデマンド？部数は？仕上がりが綺麗なところがいいのか？それとも値段がとにかく安いところ？納期がとにかく早いところ？特殊加工がしたい？それとも…？
など、人によって重視しているポイントがあまりにも違いすぎるので一概にコレ！というのは勧めにくいです…すみません

漫画本なのでB5でしか本出したことないですが、A5もわりと見ますね
読み手としては大きく読みたいので、B5だと嬉しいな〜くらいです　結局B5が入るBOXに収納するのでサイズによって収納スペースが空くとかはないです
A6かはわからないですが、さらに小さいサイズの本は小説でしか見たことないですね　ちまっとしててかわいいし小説ならアリです
基準はわからないですが、毎回A5で出している方は「このサイズじゃないと」って言ってました

おすすめの印刷所は
サiンiグiルiーiプ→入稿が早い代わりにとにかく安い、定価の40%引きとかしてくれる。オプションはほぼない（箔と遊び紙のみ）
ねiこiのiしiっiぽ→同じく安い。オプションもわりと豊富。不備があった時電話が来るので気まずい
栄i光→極端に安いわけでもないが高くもない。おそらく大手？なのでベーシックな感じ。
こんなところですかね