自分が使っていた印刷所さんは「再版する」ボタンがあり前回と全く同じ設定で再版がすぐ出来る仕様で、何度も再版しましたがそのような事はなかったです。
ですが、印刷所さんの説明書きには「前回と同じ入稿でも色味が変わる可能性がある」という文言が入っており、そのような事もあるんだろうなとは思います。
明らかに満足行かない印刷度合いなら、印刷所を変えてみられるのも良いかと思います。
安くはない代金をお支払いするのですから納得出来るものを手にしたいですよね…
あまり参考にならない意見ですが、良い同人ライフを！

多少薄い濃いの差が出ることはありますが許容範囲も人それぞれだと思うので、主さんの本を私が見たらそんなにわからない、こんなもんだよと思うかもしれないし、これは明らかにひどい！と思うかもしれないしなんとも言えないです。
別の本を作るときはまた違うところを試してみるのもいいかと思いますよ。私は何十冊と出してきていろんな印刷所を試した結果今は一つのところに落ち着いています。（単に毎回発注や入稿の方法を確認するのが面倒になっただけってのもありますが…）

私もありましたが問い合わせたところ印刷するタイミング（インク変えたばかりや時期）にもよるとの答えが返ってきました
一冊ずつで見た場合はそこまで気にならない程度だったので結局その回答と合わせてそんなものかと思って以降再販のたびに色味が多少違っても気にしないことにしました

割とよくあります。

印刷所によっては大台部数向けのオフセット印刷機と、少なめ部数のオフセット印刷機を使い分けていたり機種が違ったりする所もあったりするらしいので、
トピ主さんが利用された印刷所もそういった所だったのかな？と思いました。
特に、再版での利用とのことだったので、初版と再版分とでは発注部数が違ったりしてませんか？
部数が違った場合、こういったケース(印刷機が違った)は割とよく聞きます。
あとは繁忙期と閑散期では同じ印刷所の同じ機械だとしても、機械の温まり具合が違うから仕上がりが違う！なんてのもサークル仲間内では結構話題になりますね〜

まとめての返信で失礼します。

皆様、とても参考になりました。
仰られる通り今回は再販という事で、初版の半分の部数でお願いしていました。
そして再販だという事も伝えていなかったので、なるほど…となりました。
次からはきちんと伝えようと思います。

本当にありがとうございました！