フォント問題はややこしかったりしますからね…
元のフォントデータが埋め込まれていなかったりする場合は作業パソコン上で勝手に「標準的なフォント」に変換されてしまったりします。

トピ主さんから主催さんにフォントの種類とフォントデータのやりとりがしっかりされているなら、主催さんと印刷屋さんの間でのやりとりに問題があったのかも知れません。
印刷所も商業フォントは一通り揃えていても、個人のフリーフォントは権利上の問題で使っていなかったりもします。

次、同じ主催さんのアンソロに参加する機会などがあれば「実は以前こんなことがあって」と伝えれば良いのではないかと思います。
同じ間違いを主催さんがしてしまう可能性もあるので、トピ主さんが参加せずとも主催さんがアンソロをまた主催するようであれば、その時に伝えるのも手ではないでしょうか。

アンソロ主催経験者です。上の方がおっしゃる通り、文字データは編集可能な状態で、共通のフォントデータがないPC上で開くとフォントが変わります。フォントが読者に与える印象はとても大きいです。極端な話、フォントで作品が上品にも下品にもなります。ものによってはチャチな印象を与えてしまいますし、トピ主さんが悔やんでも悔やみきれない気持ちも大きいと思います。……というのを、主催側が知識として知っておかなければならないんですが。

経験浅い人か、もしくは小説のフォントの重要性をあまり考えてない人だったんじゃないでしょうか。
私は、文字の流し込みやフォントの種類を全てこちらにまかせてもらうか（自分なりに小説に合うものを選びました）、解像度をちゃんと守って統合された画像にして渡すように前もって伝えましたよ（万が一対応できるようにするため、必ず流し込み、編集可能な元データは取っておくように指示）「フォントに縛りは無く各自の世界観に合わせて自由に使っていい」なんて言うんなら、主催側のPC上にないフォントが使われることなんて予測しといて当然です。私なら必ず統合して送ってくださいの一言を添えますし、編集可能なデータ渡されたら即連絡します。……まあ、ここまでやる主催ではなかったということでしょう。

……伝えるかどうかは主催の性格によりますね。真摯に受け止めて謙虚な姿勢を崩さない人ならいいんですが、世の中にはいろんな人がいます、今更ゴネられても……とか、小説の文字なんてそんな変わらないじゃないか！……なーんて逆ギレでもされたらめんどくさいと思います。今後も同じジャンルで活動する気なら黙っといたほうが活動しやすいんじゃないでしょうか…なかなか今は腹が立って仕方ないとは思うんですが。
一度企画関連でもめたら周りにはずっと物騒な印象が付いて回りますし。

今後どうするかなんですが、トピ主さんが今後別のアンソロ参加をする際、データの作り方についてキッチリと主催に確認を取ることでしょうか。自分からはなかなか勇気がいるかもしれませんが、受けの一手だとこういうことも起こるというのを経験したなら、できることと思います。双方の確認不足。これに尽きます。主催側も、締め切りにページ合わせに広告に、参加者への連絡……やることいっぱいあります。主催のミスとはいえ、誠心誠意頑張ったのが伝わってきたなら、あきらめも一手かと。別ジャンルに移動して戻る気がないなら、伝えるのも良いと思います。トピ主さんはトピ主さんで、こんなこと予想しようもなかったかと思います。

アンソロの主催って、本当細かいことに気付けないといけないんですよねえ……不満をぶつけるにしても、今は感情的になってこじれかねませんし、あと一ヶ月は様子見たほうがいいですよ。こじれてからでは何もかも手遅れです。お察ししますが、よく考えてから行動したほうがいいですよ。