ページ数と埋め込み云々は関係ないですよ…？
縦式の埋め込みについては公式Twitterで回答されてます。
一時期あったフォントによる不具合は解消されてた筈。主さんがどこの情報見たか分からないけど、スタブさんのお知らせで見かけました。
クリスタはわからないけど200P貼り付けるのが大変なことは予想できるので、縦式でPDF変換して良いんじゃないかな。

Wordから縦式に移ったものですが、今のところ問題なく入稿できていて、何冊か本を出しました。
縦式公式TwitterやサイトにもPDFについて載っていたので参考になればと思います。
たぶんクリスタでその作業するより縦式のが早い気はします。

文庫300pぐらいの本を縦式で作りました。その時はまだフォント問題はなかった時期ですが、フリーフォントとiPadで入稿までちゃんとできましたよ。縦式は段組とかフォントサイズとか諸々がテンプレ化できるので、気に入ったテンプレさえ作れればあとは流し込んで改行とか調節するだけでいけるはずです。
印刷所さんによってはPagesのテンプレを配布しているところもあるみたいですが、縦式で段組と同じ配置で作業したほうがやりやすい気もします。

埋め込みってことはビルトインになっちゃうとかの話でしょうか？　私も縦式使ってて、うっかりiOSをアップデートしたら今まで使えるフォントが使えなくなって頭を抱えました。
結局代替フォントにしましたけど、念のため印刷所さんに聞いてみるといいと思います。
画像化はぼやけたりしそうな気が…
(見当違いのコメントになっていたらすみません)

縦式今はフォント大丈夫だったと思うけどな？
この前作った本は縦式でヒラギノ！とくに不備なくちゃんと反映されてた！

縦式を使ってますが今のところは不具合なく印刷できています。
両刀なのでクリスタも使いますが、200ページのデータを作るのは大変です…EXの複数ページ機能を使うとデータが重いし、1ページずつだと書き出しが大変でミスも起こりやすいと思います。

締め切り的にギリギリかもしれませんが、一度どこかでお試し印刷をしてもらってはいかがでしょうか？
段組なども確認できますし、印刷の安心を得られるのを考えると高額でもありません。
製/本/直/送さんが一冊から可能で早かった気がしますが、やっているところは色々あるので調べてみてください…！

皆様回答ありがとうございます！
まとめてのお返事で失礼します。

フォント問題は一部原因不明で終わっているものがあるようで、どうしたらいいのかわからず質問させていただきました。
本のサイズやページ数は何が参考になるかわからず一応書かせていただきました。
試し刷りや印刷所さんへの確認は確かに必要そうです。
それと皆様ほとんど問題なく入稿できたとのこと、安心しました！
油断はせず注意しながらやってみようと思います。
一週間前に気づけてよかったと前向きにやってみます！