TL作家ですがコメント失礼します。

後悔した、という方の大半は合わない担当に当たってしまったというものだと思いますので運ですね…仲間内ではよく担当ガチャなんて言ってます。
それ以外ですと時間的な問題ですね。連載前提であれば数ヶ月〜数年はお仕事しながら作業する形になるので、趣味の同人活動がほとんど出来なくなるかもしれません。
トピ主さんがものすごく速筆であれば違うかもしれませんが…
ただ電子コミックであればある程度融通はききます。

あと私の体験として担当側の都合で返事を待たされて、こっちがこういうスケジュールで動きたいのに…と思っていたことがズレるというのが結構な頻度でありました。
(オリジナル作品ですとものによってはプロット出しから完成原稿提出まで一年近くかかることもあります…)

参考になれば幸いです。

トピ主さんと同じく一次創作はしてこなかったけど商業描いたことのあるものです。
私自身がやってみてしんどかったことは、二次の時よりも評価が気になるようになって辛くなったことです。
二次創作だとnot for meで合わなければ避けてくれる人が多いのでネガティブな感想を受け取ることが少なかったのですが(送ってくる人もいると思いますが)、商業だとレビューでぼろくそ書かれたりするので…。
あと描いた作品が同時期発売のものより売れた売れないも気になるようになってしまってそこも辛かったですね。

でも自分が一から考えた漫画で良い感想を頂けるととても嬉しいです。
二次の時でも嬉しかったですがそもそも他人の作品をお借りしているという気持ちで描いていたので、オリジナルでお話も世界観もキャラの性格も自分で全て考えるとなると、不安な気持ちも気恥ずかしい気持ちも大きくて…。
それを褒めてもらえると、良いと思ってくれる人もいるんだ！描いてよかった～！という気持ちになりました。
これまで一次創作をやってこなかったので余計にそう思ったのかもしれません。

上のコメの方が書かれているように担当さんとの相性も大きいと思いますが、一次創作と二次創作でも人によっては合う合わないがあると思うので、トピ主さんがもし興味があるなら一度挑戦してみて、合えばお仕事として継続すればいいし、合わないなと思ったらまた同人に戻ってもいいのではないかと思います。

自分も今会社員しながら同人誌出していて、商業の編集さんに声かけられて迷って？というかほぼ断ってしまった感じです…
経験者じゃなくて申し訳ないです。
自分も会社員やめるつもりはなく、しかし商業するのならいま萌えているジャンルの二次創作はしばらくできないなと感じで待って頂いている状態です。
商業として本を出すこと自体は意味のあることだと思いますが、会社員しながらならよっぽどの速筆でなければ今やってる二次創作はできなくなると思います。
2次で描きたいことをやり尽くすまで、少し待っていただくのもありかもしれません。
場合にもよりますが数ヶ月〜一年くらいなら待ってくれそうなイメージです（自分の場合何が何でも商業やりたいという気持ちではないのでこのような感じで先延ばしにしています）

BLではありませんが専業で商業やってます。
周りで商業と会社勤めの二足のわらじを履いてる方は、連載ではなく読み切りを年に数回出す、あるいはアンソロに寄稿する形の人がほとんどです。
連載となるとやはり時間的に厳しいのかなと思います。
また、自分は旬ジャンルで活動したりコミケに出た経験がないので伝聞でしかありませんが、商業で細々描くより同人誌売った方がよっぽど稼げるとおっしゃる人も少なくないので、金銭的にもあまり旨みはないかなと……。
加えて編集さんからあれこれ指導・指摘もされますし、それが正しい正しくないに関わらず人から自作に口出しされるは嫌だという人にも向かないと思います。
場合によってはひたすらボツを食らい続けるなんてこともあるので。

なので、専業でやっていきたい！という強い気持ちがないなら、何か他に明確なモチベーションがないと「……なんでこんな無意味なことやってんだ？」と途中で我に返ってしまい、受けたことを後悔するかもしれません。
二次創作する時間も大なり小なり削れてしまいますし。
例えば一次創作でどうしても描きたいテーマがあるとか、商業の世界で腕試ししたいとか、商業で自分を宣伝して同人の売上や人気に還元したいとか、そうした目的を持ってやるならそれを達成した時点で手を引くということもできますし、ただ時間を無駄にしたという結果にはなりづらいかと思います。

会社員と商業と同人の3足のわらじです
知名度もなくフォロワーも少ない中漫画を描いていたらなぜか声をかけていただき、商業の方がやり甲斐がある派です。同人では大して感想もないしいいねやRTも3桁いかない、とにかく同人的に成功してないので「なんで誰にも求められてないのに漫画描いてるんだろう」って思ってそろそろ筆を折ろうと思ってました。
でも商業で編集さんに見てもらったり原稿出したらすぐ感想や良かったところを言ってもらえると、自分の漫画が必要とされている気持ちになれます。読者人気は分かりませんが描いていいと言うなら描こうという気持ちです。
二次出身ですがそのおかげでオリジナルでも楽しんで描けているので、同人で成功して商業にいった、もしくは商業が割に合わなかったという人と逆のパターンもあります。このまま同人引退して商業に集中しようかとも思います。