誌面レイアウトに対してそれなりに好みやこだわりがあると自覚している小説書きです。
何度かアンソロにも寄稿してますが、個人誌でないものについてはそこまで要求ないなぁ、という感覚です。
趣味におけるこだわりって、個人でやるからこそ勝手にこだわっていられるものですし。
依頼時にフォーマットが決まっているのは前提条件ですが、決まっていれば書くものをフォーマットに合わせます。
（というか、合わせられないような人はアンソロ等には参加すべきじゃないと思ってしまうというか……）
こういう理由でこの段組です、という主催のコンセプトがはっきりしていればす尚嬉しいですが、それも余裕があればって感じです。
そもそも書くだけの側が、まとめてくれる人にあーだこーだ口出したら申し訳ないという気持ちのほうが強いです。
だって主催さんがいちばん大変ですものね、やること山積みだし……。

主催さんのほうの余力があり、かつ面倒そうな人が多い場合、先に字書き陣にいくつかレイアウト案を提出してアンケート取ってもいいかもしれませんね。
そのとき、明らかにこれはないだろみたいな案をいくつか混ぜておいて、主催側がやりやすいレイアウトにこっそり票を誘導するなどのやり方してもいいと思います（プレゼンの基本ですし笑）
あんまり気を使いすぎなくて大丈夫だと思いますよ～！

「読む側としても執筆側としてもどちらでも気にしない」派です。
そもそも、アンソロでなく自分で発行した本であっても、多少の妥協はしてしまう方なので参考にならないかもしれません。

さほど頻繁にお呼ばれしてるわけでもないけど、過去関わったアンソロ等だと、フォント・段組みは固定のほうがメジャーな気がしていますね。
自分が主宰で、「フォント、段組など変更したい場合はお気軽にご相談下さい」と声をかけたこともあったのですが、特に希望される方はいませんでした。
ただ、「相談してまでやるのは面倒」「主宰が詳しく無さそうだから言い出せなかったけど」……などなど、本音としては変えたかったのに～！とモヤモヤさせていた場合もあるかもしれません。

恥をさらすことになるかもしれないのですが、基本小説原稿はwordから→PDFという流れで作成しており、アンソロの場合、小説原稿はwordで募集しこちらでノンブルを打ちヘッダーにタイトルを入れPDF化する、という流れを取っていて、小説原稿に関してはwordとPDFリーダーしか碌に使用できるソフトはありませんでしたし、それで十分だと思っておりました。
過去アンソロを主催した時に、特にフォントや段組み等を変更したわけでもないのに、寄稿をお願いした方から送られてきた原稿が、こちらでワードを開いたら一部（一・二文字）が崩れておりました。
（相手の出力見本を見た限りは崩れていない）
色々検索等してみたのですが、結局原因はわからず……その時は寄稿して下さった方相談の上、一・二文字を打ち直し、「表向きはなんとなか同じように見える形にできたのですがこれで大丈夫そうですか？」と画像で確認していただいて、何とか乗り切りました…。
フォント変更無しですら苦戦するくらいだったので「フォント変更可能ですよ！」というようなことは自分が対応できる環境が整わない限りは今後言わないようにしよう、と硬く胸に誓いました。
Wordは、そもそも印刷に適したツールではないのか、こういう不具合があったり、また以前までは問題なかったことがアップデートで急にできなくなったりすることがよくあるみたいですね…。

もしかしたら、詳しい知識をお持ちの方、あるいは別の編集ソフトを購入されている方にとっては「お前がバカだけじゃんorなんでちゃんと同人誌作りに適したソフトを買わなかったの！？」という状態かもしれませんが。

段組やフォントに毎回苦しんでいる文字書きです。特にこだわりがなく、テンプレもフォロワーさんからいただいたものをずっと使っています。
印刷所さんも固定のため、失敗リスクも少ないので今後もかえたくないなってくらい無頓着ですので、アンソロもご用意いただいたもので執筆したいですし、もし自由にと言われたら結局主催さん含めアンソロ参加者に聞いて回ると思います……。
なのでテンプレがあった方が嬉しく、スケジュールに余裕がなくてもテンプレがあるからお受けするということもありました。

実際はwordがない、OSが違うなどいろいろあるとは思いますので、絶対に均一は難しいのかなとは思います。
指定フォントのDLができなかったので、ずれを覚悟でとりあえずのデータを渡して主催さんにコピペ依頼、PDFで段組確認とお手数おかけしたこともあります。

書き手側としてはテンプレ配布が嬉しく、読み手側としては統一されたフォントサイズが読みやすいです。
濁音やハートが含まれると段組が少し崩れると思うので、そこは気になりません。

もしトピ主さんのアンソロが年齢指定でしたら、濁音(あ"など)や記号(♡)を使いたい人にはフォントって大事かもしれません。
いっそ禁止するのもありかとは思いますが、フォントによっては結構楽に濁音が出力できますので。。

アンソロ主催経験者です。結論から言います。
自由形式にして、PDF化してもらって入稿！！これが一番安全です。必ず、書き手さん自身でPDF化してもらってから原稿送ってもらってください。
これならこちらは一切手を加えることができません。こちらのPCがWinだろうがMacだろうが、見た目が変わることは一切ありません。印刷所も自由です。絶対に自分でPDF化してはいけません。レイアウト変わろうがフォントが変わろうが、確認することができないからです。
もともとPC環境は人それぞれです。イメージ違いが出て当然なんです。もしも直す必要が出てきたら、必ず書き手さん自身で元データから直してもらうことです。万が一誤字脱字あったとしても、PDFは再編集できない形式なので、こちら側に落ち度はないとはっきり説明できるからです。
印刷物は一度刷ってしまったらどうにもなりません。そして、印刷物でのモヤモヤはどんなに弁解しようが解消できるものではありません。ミスはできないものです。
同人は作家個人の個性や表現力が前面に押し出されているべきだと考えます。フォントや文字組みも同様です。
自由形式にして再編集できないようにして送ってもらったほうが安全かつ個性が際立って一番いいと思います。

まず、アンソロ主催が決めたものに従うが大前提です。
文字書きさんだけでなく、執筆者側の声を聞くのは大切ではありますが、全部は聞いてられませんのでメリットやデメリットを見極めて依頼の段階でしっかり決めて提示する事が大切です。

過去、統一した・しなかった場合それぞれでアンソロ主催を経験致しましたが、主催側や読者側としての感想としては「統一した」方が総合的に見て良かった気がします。

統一した場合は、誤字脱字などの訂正やデータを扱う時に「全部同じテンプレート」という点がでは大変楽でした。
主催側のデメリットは特にありませんが、しっかり指定したい事を書き出して伝える必要がありますので、最初の連絡が肝心です。
読者側としてもテンプレートが定まってると読みやすく、気持ちよく作品に入り込めました。

統一しなかった時、見辛いとはまでは思いませんでしが、人によっては5ページでまとまるのに10ページになってしまったりと、文字数は変わらないのにページ数がこんなに違うのか…と思いましたし、何となくまとまらない、しっくりこない感じはありました。
あと、原稿に慣れていない人がいる場合は統一した方が良かったと感じます。訂正や手直しの際にテンプレートが定まって無い事でこんなに手間がかかるのかと思いました。
(全部執筆者側がここを直せばいいのねって簡単にやってくれるならいいんですけど、そもそも慣れていないと簡単にいかないので主催のサポート必須ですので、その時の手間がすごかったです。)

確かに文字以外の部分も表現のひとつとして大切にされている文字書きさんもいますが、企画という場では別ではないかと。

テンプレートの有る無しに文句を言う方より、他人に決められたテンプレートでも魅力を落とさず表現できるとしてくれる書き手さんに参加していただいた方が良いかと思います。
どうしてもこだわりがあって「自分の決めたテンプレートじゃないと書けない！」って言うならそれまでですが…。

それより、参加している企画やその主催の決めた事(勿論常識の範囲で)にあれこれ言っちゃう人はよっぽど読みたい気持ちが無いなら誘わない方がいいかもしれないです…。
こだわりが強く他人にまで求めてしまう方や、ツイートでも声がでかい、主張が激しい方とは企画でも大なり小なりトラブルが絶えなかったので、できれば避けた方が良いかと思います…。

脱線した上にお節介まで申しまして失礼致しました。
誰かの意見に左右されず、いい意見だと思うものだけを吸収し、トピ主さんの思う最高の一冊にする為に全部好きに決めてしまうのが一番です。

小説テンプレート以外にも色々と決める事やする事が多くて主催は大変ですが、本当にいい経験になりますので頑張ってくださいね！応援しております。