トピ主さんが気になっているならやめておいたほうがいいと思います。自分だったら未来の自分のためにやめておきます。
たとえばその同人誌が売れなかった場合、ネタ被りしてたから売れなかったんだと思うだろうし、売れたら売れたで誰かにパクリだと指摘されたらどうしようと不安がぬぐえないと思います。結果がどうであれネガティブな感情しか持ちそうにないので、まだネームの段階で気付いたのであればラッキーだと思ってやめておきます。

おそらく問題になることはないかと思いますが、先のコメントにもあるようにトピ主さんがいつまでも気にしてしまいそうだな、と思うならば書き控えたほうがいいような気がしています。

私ならば、「ワンシーンのネタ被りを気にする気持ち」と「その話を描きたい気持ち」を天秤にかけて、後者が勝るようなら書きます。
一度作品を寝かせてみるのもいいかな、と思います。別の作品を描いて気持ちを切り替えたりして、それでも「やっぱりあの話描きたいな！」となったらその時また考えてみてもいいかと。

周りがどう思うか？より自分が満足できるか？を考えたほうがのちのち後悔しない気がします。

トピ主です。お二方とも助言ありがとうございます！
コメント頂いてたから少し時間を置いてよく考えてみましたがおっしゃる通り「ネタが被ってしまっている」という事に自分で気づいているのでこのままネームを作成してもモヤモヤした不安は消えないだろうなと思いました！ネームの段階で本当にラッキーでした！そこのワンシーンのネーム変更してすっきりと楽しい原稿作業に入りたいと思います！ありがとうございました！