コンピュータ詳しくないので見当違いなこと書いてたらすみません。
思いついたのは太郎⇒マザーではなく、太郎⇒「マザーが制御している全AI、もしくはその一部」にデータを事前に忍ばせておき、そのAI達からデータを無線でマザーに送らせるのはどうでしょうか。
最初太郎と意見が逆だったマザーに記憶を渡すとしたらマザーが抵抗するのでは…と思いまして(紆余曲折ありと書かれてはいますが)、ハブられていたとはいえマザーより下位の存在である太郎がマザーを出し抜く？のは難しいと思うので、たくさんのAI達にデータをなんらかの形で事前に忍ばせておいて、太郎がスイッチ押したら一気にデータがマザーに届くようセッティングしておきほどよいタイミングで一気にデータ送信しマザーを一時停止させて太郎の記憶を強制的に読み込ませる、みたいな……。
いやでもこれ方法じゃないかも、不安になってきました。ずれてたらごめんなさい。

セキュリティ的な観点から言うと、信用度がない相手との通信は「外部記録媒体」一択です。
有線にしろ無線にしろ、相手と直接通信をするというのは一定の信用度がなければ成立しないからです。

『攻殻機動隊』の作中などでは、有線通信（他人とケーブルと繋いで通信する）のは無線傍受されないセキュリティ性が高い通信方法として描かれていますが、とても親密であるか信頼がおける相手としかしない通信方法としても描かれています。
無線と違い、一度に大量のデータを送ることが出来る＝ウィルスなどを送り込みやすいということもありますし、ケーブルが直接体に振れるものでもあるからです。
（有線通信したケーブルをハンカチで拭いてから返すマナー的な描写など）

また上述したように、無線通信は便利である反面、第三者に傍受や妨害される恐れがあったり、そもそも大容量のデータ通信には向いていないといった欠点があったりします。
現実世界でもセキュリティー性の高いサーバーは電磁波シールドラックに収められていたり、電磁波を遮断した施設で稼働していたりします。
　　
　
そこで現れるのが「外部記録媒体」、今の時代で言えばSDカードやUSBメモリなどです。
主人公は「外部記録媒体」にデータを書き込んで渡し、
受け取った側は「一次受取端末」でデータチェック用端末でウィルスやデータの中身をある程度チェックし、
その上で本体PCであるマザーにデータを移すのがセキュリティ上の理想となります。
（主人公→外部記録媒体→一次受取端末→マザー）

エンタメ演出などの除外して、セキュリティ面からアプローチすると「外部記録媒体」と「一次受取端末」で２ステップ踏むのが敵対している両者双方が安全で納得しやすいデータの授受方法になると思いました。

ただSF系作品では、データを受け取る側が敵対していた相手を信用して生データを受け取るようなシーンが多いです。
多くが、データを受け取る側が主人公だったりするからだと思います。
あるいは、例えウィルスなどがあっても自前の演算能力の高さで駆除できるという自信の現れもあるのかも知れません。
マザーであれば相当演算能力が高いコンピューターだと思うので、敵対している主人公AIごときから何か仕込まれても問題ないと生データの授受を選ぶかも知れません。
すると今度は、主人公AIが逆にマザーから変なデータを送られないかどうかを信用するかしないかという問題に直面します。

そういった、演算能力の自信や相手を信用するという描写を交えて、主人公AIがマザーと直接データのやり取りをする描写も良いかと思います。

非常に個人的なフェチを言うなら、主人公AIがマザーに有線接続した瞬間、マザーからハッキングを受けて体が動かなくなり、その後マザーからデータを吸い出されて、データの中身を理解したマザーが主人公を解放する、というような流れだと面白いなと思います。