んーどうでしょう。企業や職種によりますね。
あくまでわたしの経験ですが、当時ちいさな出版社の面接を受けまして、そのときは同人誌制作をアピールしました。むこうも同人のことをしっていたのでけっこう盛り上がって内定をいただきました。
しかし、出版社以外の企業で同じようにアピールしたら、面接官からの反応はなくスルーされることが多かったですね。

ちなみに、アピールするなら同人誌をつくったことというよりも、企画して制作して印刷会社に納品して販売したというその行動自体をうまくみせたほうがいいかなと思います。

先に言われているように、企画、スケジューリング、納品、販売までの一通りの過程というのは商品企画の一貫なので、そういった職種であればアピールポイントになるかと思います。
合同誌での他人とのやり取りや実際の売上成績、マーケティングも行っていれば更に加点です。

ただ、会社に同人誌趣味があることがバレるため、そこをどう捉えるかです。
同人誌というとヲタバレ前提にもなるので、別の単語、季刊誌や自費制作物といって濁すのも手です。