長い付き合いですね。
DMで様子を伺う等してみたらどうですか？
最近元気ないみたいだけどどうしたの～？みたいな
話題を切り替えるようにそれとなく話ふってみるとか

ネガ発言に無理に反応しなくていいと相手も思ってるかも
苦手でミュートするのは不自ではないと思います

直接言ってみて内容に今後接点や変化がなければ
その方と趣向が変わってしまったといった感じでミュートしたままでいいと思いますよ(ブロ解なら解除)

まあリア友でリアルでも会う予定が今後もあるのなら
適宜様子伺いそっと見守るしか……
あとズバリ言える仲ならネガ発言について自分ならハッキリ聞いちゃう、かな……
それがあってちょっと今ミュートしてるんだ、と。

相互フォロワーでも、トピ主さんと同じような理由からミュートすることが割とあります。

ミュート中、時間があって自分の気持ちも落ち着いているときにたまに覗いてみて(このときにいいと思う投稿があればいいねしたりRTしたりもします)、「べつにこの人ミュートするようなこと言ってないじゃん」と思えたらミュートを外します。

今まで「私のことミュートしてる？」等と直接言われたことはないです。
ミュートに気づかれるとしたら、作品やツイートに反応がないことや、たまに覗いた時に時間が経ってから反応してることからでしょうか……。
もし言われたら「忙しいときタイムライン全然読めてないんだよね〜」「だからたまにリストとかで纏めて見てるんだ〜」「ツイッターってたまに時系列めちゃくちゃに表示される時ない？」あたりの言い訳を考えていますが、使ったことないです。

もしも、何回覗きに行ってもイラッとするなぁという人がいたら、ミュートしてから年単位で時間が経った頃に相互を外しています。

どちらにせよ、ご友人のツイートを見たくないのなら今は見に行かなくても良いのではないでしょうか。自分の精神衛生は自分で守りましょう！