まず脱稿おめでとうございます！お疲れ様でした！

その規模でのネタ被りはつらいですね…。
読む側として考えると、ネタが同じなら流れやセリフも当然似てくるので1作だけならなんとも思いません。
しかし普段から界隈の人気ネタにすぐ飛びついたり、誰かの作品にうっすら似てる作品が多い方だとモヤモヤします。

書く側としては…
以前ネームに起こした漫画と似たネタ(とある乗り物で遠出する内容です)の漫画が流れてきて、お蔵入りにしたことがあります。
その乗り物は原作でキャラの口から出たもので、それを元ネタにすれば作品の流れも似通ってくるのは当たり前なのは分かってるんですが、その方は人気作家さんですし叩かれるかもしれない…と思いまして。
時間を置いてから「似たネタのものを見かけましたが、せっかく描いたので流します。」と一言添えて発表しようかなと。
しかしトピ主さんはせっかく脱稿されてる訳ですしそれも辛いですよね…。
両方の作品を見て判断してくれそうな方がお友達にいれば、相談するのも手だと思います。

脱稿お疲れさまです＆おめでとうございます！

私は書く側なんですが、ほぼ同じ状況になったことがあります。トピ主さんと同じでほとんど他の人の二次は読まないのに、たまたま読んでしまったものがかなり似ていて「ギャー！」となりました。焦りますよね、あれ……。
ただ、あまり深く悩まない性格なのもあって、「まあ、でも被っただけで真似したわけじゃないんだし、いっか～」と忘れることにしました。
その時にお酒飲んでいたことも手伝って、夢だったことにしちゃおう！と……。むりやり記憶を「読まなかった時間軸」に移動させちゃいました。
とはいえ、やっぱりちょっとどっかで気にしていたので、万が一なんか言われたときに備えて驚いたフリの練習とかしてましたが……笑

蓋をあけてみれば新刊は普通に好評で完売もし、とくに変な言いがかりもつけられなかったので、取り越し苦労で済みました。
普段から私が他の方の作品を読んでいないことを読者のかたもご存じだったってのもあるとは思いますが、あんまり気にしすぎると疲れてしまいますし、その時はその時！くらいの軽いノリで捉えても大丈夫だと思いますよ～。

ちなみに私はその後、「ダダ被りするってことは私の作品はその程度ってことなんだな」とものすごく落ち込んで、以前より勉強するようになって、結果的にこの経験がプラスに働いたなと思ってます。先のこと考えると、悪い経験じゃないと思いますよ！