不安になるなら避けた方が良いです。

例えばシンデレラとかだと、その名前がついた話や歌はたくさんあるので、キャラによるのでは？

カタカナをひらがなや英語にしたり伏字にするならまだ良いと思うけど、避けた方が無難
知名度ではなく、著作権があるかないか調べてみては？
「星の王子さま」は著作権は切れてるけど商標登録されてるよ

ホーム○だったら名探偵
ルパ○だったら怪盗紳士
というふうに言いかえができるなら、変更して対応してみたら？

タイトルにキャラ名が入ってる同人誌はごまんとありますし、問題ないと思います。
もしタイトルにキャラ名を入れることで問題があるのだとしたら、そもそも同人誌自体が成立しません。