漫画原作は漫画を参考にしていますが、ゲームとか公式からそもそも白黒絵が出ないものはそうもいかないので赤髪なら20～50％の間で他のキャラの色味とバランスとって決めてるって感じです。似たような色味のキャラ（赤や青の髪）がいる漫画を参考にしたりもします。
同じ濃度でベタや白の範囲を変えることで印象を変える場合もあります。トーンは同じ40％でも青髪は赤髪に比べてベタの範囲多めにするみたいな。でも感覚でやってるのでこれといったルールを言語化するには至らずって感じでふんわりしたコメになってしまい申し訳ないです。

色ごとに大体決めてあって、あとは全体のバランスと明度を考慮して調整してます。
例)赤→30 青→20 黄→なしor5 茶→なし〜30 黒→濃いめのグラデorベタ

感覚に拠るところが大きいですが、同じ濃度のトーンが並ぶと見にくいのでメリハリを付けるのは常に意識してます。上の方と同様にベタや白抜きの範囲で表現することも多いです。

漫画を描く時は、登場させるキャラの顔だけをグレスケで描いて並べた資料を使いながら描いてます。
先に資料を作る事でキャラが並んだ時の色バランスがわかるし、クリスタはグレーをトーンに変換できるので、
サブビューに表示させた作画資料から色をスポイトしてグレスケで髪を塗る→トーン変換で60線にする、を、いつもやってます。
似たような色のキャラが出る時はトーンの種類を変えることもあります。丸トーンじゃなくてノイズトーンにしたりしてます。

他のキャラや服装等とのバランスですね！同じ茶髪でも黒い服のキャラの髪は白くするし、白い服のキャラの髪は黒くしてます。茶髪キャラしかいなくて全部同じトーン…って時は、完全なる個人的好みで明暗を決めてます。

トーンで近い明度の場合は、どちらか1人を「ライティングで白抜きになっている｣という体で線画より内側までトーンを削って差別化しています