頬、指、肩幅、骨盤、肘、膝、あたりかな
とはいえ、二次性徴前は子供ってかなり中性的だから、無理に描き分ける必要もないとは思ってる

肩幅と眉毛と目の形でしょうか。意識的に女の子と変化つけるのは。

体格だけで描き分けるのは難しいかもですね
どういう絵柄系統のショタを目指すかによってショタみの出し方が変わってくるのですが
体格は女の子でも身に付けているものが男の子向けの服だと一気にショタみが出ると思います。ファッションですね。
女装してるショタ、と言う場合は究極、男の子だよとアピールするために股間のもっこりがチラ見えするような構図にするとかですかね…

前髪の作り方というか前髪の始まる位置が男の子と女の子では違うように思う。
男の子っぽい前髪は他の部分と繋がってるので頭頂少し奥から。
女の子っぽい前髪は他と繋がっておらず、もう少し前から。
同じくらいの長さのショートカットでも前髪の作り方で男の子っぽさと女の子っぽさが変わると思う。

自分がやってるのは、体型にメリハリをつける。（関節や筋肉を少し強調させる。体型は細身でも筋肉はうっすら描く。）
眉毛をキリッとさせる。（目と眉の間を狭めにして、直線的にする）
とりあえずこの2点を意識するようにしています。少年ぽさは出ると思います。
あとは動きですかね…。大人しくならないようなポージングにしたりしてます。可愛くても、動きの端々に男の子っぽさが残ってる感じでしょうか。

ショタって人によって作風が全然違うので面白いですよね。