トピ主さんのいうエモいがどんなものかわからないけど、ストーリー内にある程度時間の経過がないとエモさを出すのって難しいと思う
超短編とエモいって相性あまり良くないと思うから、長さをとるかエモさをとるかにしないとただ短くて何か言いたいんかわからんみたいな漫画になるんじゃない？
もしある程度の長さで勉強するなら「エモい 商業BL」とかで検索して実際作品読み込んで勉強してみればいいと思う

エモい漫画もそこまで印象に残らないので狙わなくてもいいのでは
ギャグでも心に残る漫画ってあります

自カプは元敵対してたキャラなのでその頃のことを思い出すとかするとエモい感じになるんでキャラによるのでは
憂いのない陽気なスポーツマンでエモさ出すのは難しそう
キャラ解釈を深めるのが一番かなって思う

どれくらいのページ数を想定してるかによりますが、Twitterでバズってるオリジナル4p漫画あたりを参考にしてみればいいのでは？

1-4Pくらいの短編漫画ばかり描いてますが、割とエモい、とか、映像を見てるみたいです、という感想もらえます。ネタもそうですが、セリフ回しやコマ割りが重要かな〜と思います。映画のめちゃくちゃいいとこのシーンを4Pに凝縮する感じでコマ割りするとエモくなりますし、最後のページに余韻を持たせる感じで終わるとエモくしやすい気がします。あと、寄り→引き→寄りみたいなカット割りにするといい感じです

実在感を感じるような会話の雰囲気だと顔漫画でもエモい……ってなります モチーフに知的な喜びがあると尚いいです

エモい顔のアップで印象付けて、吹き出しで印象的なセリフを置き、間のあるコマ割りをして、ポエミーなモノローグを添えておくと、尊い…！！って思われやすい気がします。
雰囲気的にはショーシャンクの空にとか、グリーンマイルとか、あの辺のやるせない展開からの突き抜けるような解放感を漫画でやる感じです。

二次創作だと表現の他に、原作の二人の関係性が重要な気がします。
えっそういう掘り下げ方する？あの二人がこの季節を一緒に過ごしてたら…
みたいなのでワー！となるというか。

「感情が揺さぶられる短編漫画」として考えるなら、読者が予想してなかった事実が隠されていて、それが発覚した時に「エモい」になる気はする。そしてその事実の由来は「感動」「仄暗い感情」「狂気」その他のどれなのかでイイ話なのかちょっとヤンデレなのかで変わるかな。その辺はお好みで。

ずっと忘れられない2コマ漫画があります。セリフは凝ったものではないですがセンスよくまとまっていてました。なんといっても表情が素晴らしかったです。漫画であれば絵で訴えることが出来ると思います。涙がボロボロ溢れてる感じ、とか。

二次創作じゃないですが、「いい話だなぁ」みたいなコメがついた、良いお客様や店員さんの話を１、２ページの漫画にしているものとか参考になるような気がします