同人活動を通してではないですが軽めのストーカー被害の経験者です。

今まで受けた被害の日時と内容を出来るだけ正確に時系列で記録を取っておくのが良いです。手書きのメモなどでも大丈夫です。出来れば客観的に証拠になるものを集めておきましょう。ネットでの相手の言動を魚拓に取る、スクショに残しておくなど一つ一つの重さより手数が多い方がいいです。
警察に相談などの段階に至ったとき第三者に自分が受けた被害、相手の行動について客観的説明ができて判断ができるようなものは一つでも多い方が話の通りがいいです。

身を守る方法としては残念ですが露出を減らして相手との接点を無くすことが一番なので同人活動はしばらく控えるのが無難かと思います。
そういう相手はあなたの情報を一方的に得ただけでも「また一つ仲良くなった、あなたが教えてくれた」と思い込むので不特定多数に向けて情報発信する事自体にリスクが発生します。
名義とジャンル変更をしてもトピ主さんに気付いて追ってくるかどうかはトピ主さんの目立ちやすさ次第でもあり賭けになりますが、現ジャンルに戻るよりはリスクは低いかもしれません。

似た経験があるだけの素人の知識と考えを並べてみましたが、相手がどこまで執着して何を求めてるかは人にもよりますし、同人活動をどうしても続けたいか身の安全を最優先したいかもトピ主さん次第です。
参考の一つとなれば幸いです、トピ主さんにとって今後が良い方向に向かいますように。

トピ主です。皆さんアドバイスいただきありがとうございました。

同人活動は半年以上前に辞めていて、twitterもpixivも閉じてます。また同人活動を再開する予定もありません。

にもかかわらず、友人へ私の消息を訊ねる連絡が続いているということを先日初めて伺いました。友人も当初はスルーしてたものの、そのうちの一人がかつて最寄り駅まで話しかけた方なのだとメッセージ上で名乗り出たため、私のことを心配して連絡してくれたそうです。
私も友人もその街からは既に引っ越ししていますが「またトピ主に会いたいから街に来ることがあれば連絡してほしい」と言われたそうです。ちなみにこの方は相互でもなければ全く知らない方です。

友人は今でも同人活動を続けているため、正直私以上に友人の身の危険を感じており、私の手元にある証拠は少ないですが、友人に届いたメッセージをもとに証拠集めをしようと思います。皆さん、ありがとうございました。