自分はトピ主さんの注意書きがあれば気にならないなー

存在が確定している場合はオリキャラではないので、出すこと自体は問題ないと思います。
あとはその資料集の設定をどこまで取り入れるかですね。裏設定でも容姿について背が低いとか黒髪とか、言及されてるならそこだけ分かるようにして、顔は影になってて見えないようにするとか。
あまりはっきりと顔かたちを書いてしまうと、読み手もそうだし、自分もあとから公式で登場したときに頭の中に出来たイメージの切り替えが出来ないと思います。

自分はオリキャラもそこまで気にならないから参考にならないかもしれないけど、ちゃんと原作者が出した設定ならそれを明記したうえで創作に出すのは全然かまわないと思う。
ただ、もしその資料集が、明らかに原作者とは別の人の考えたもので原作と矛盾が出てたりすると、それを公式設定として二次創作でも描かれたり、公式はこうだという風潮になったりするのは抵抗がある。

存在だけ言及されている人物を二次創作で出すのも原作に出てない部分でメディアミックスで示唆された設定を使うのも普通にアリだと思ってます。
トピ文の通り注意書きがあれば万全かなあという感じですね。

＞原作に出ていないキャラを出すこと自体がオリキャラ感が強いから嫌
とは思わないけど、変な役回り（虐待捏造とか）に使ったり、そのキャラを出す必要性を感じられないとモヤるかも
よく考えて必要だって自信を持てるなら良いんじゃないかな

存在だけ決まっていて性格容姿不明なキャラクターを二次創作に出すこと、私は全然気にならないしむしろ私自身もやっていますが、
知り合いに上記が苦手だと言っていた人もいました
これはもう誰かの萌えは誰かの萎え、というやつなので注意書きしっかりされていれば大丈夫だと思います
トピ主の注意書きで伝わると思いますよ

トピ主です、回答いただいた皆様ありがとうございます！
設定の出処をきちんと明記した注意書きがあれば支障ないというご意見で概ね差し支えない旨が分かって、大変心強かったです
「誰かの萌えは誰かの萎え」になりうることも肝に銘じつつ、あくまでも原作キャラの物語を生かすための存在であることに気を付けて作品を作りたいと思います