2人で合同誌（マンガ）出したことがある者です。

・具体的な計画の進め方
→「●●な本を出したい！」「いいねー！」で意気投合した友人と出しました。初売りのイベントを決め、そこから大体の〆切を逆算しました。その後ページ数や想定を話し合い、内容が固まった時点で印刷所を決め、具体的な〆切を決めた感じです。
・作業分担
→原稿作業は各々で、入稿は私が担当しました。それぞれに扉、あとがきページを設定したので、個人誌での原稿×2という感じです。
・売上に関して
→私が自家通販で頒布し、売上に関しては折半しました。（相手からは入稿や自家通販分の手間をかけたので7対3でいいと言われましたが、私から折半にしました）
印刷代の支払いについては私が一括でまず印刷所に支払い、その半額を相手から私に振り込んでもらい精算しました。
・頒布時のサークル名
→自家通販のみのため、お互いの個人サークル名を記載しました。

同人ショップへの委託通販の場合はサークル名や売上の分配等当てはまらないことがあると思いますが、参考になれば幸いです。

あとアンソロ・ゲスト本と合同誌の差については個人の考え方に依るところが大きいと思いますが、個人的には執筆者が印刷代を出さないのがアンソロ（ゲスト）、出すのが合同誌という認識です。
多人数の執筆者がいても全員が印刷代を負担して発行されるものなら合同誌であると考えます。