あります。分かる人には特定されそうですけど、作中で自分を犠牲にして仲間を救った人気キャラがいました。
後にそのキャラがクローンとして量産され、仲間のために躊躇せず自分の命を使い捨てるようになる――までは原作通りの話なのですが、
アニメ化した時に、公式がそのキャラを無限湧きの敵にしたブラウザシューティングゲームを面白おかしく発表した時は心底もう無理だと思いました。
しかもファンの中にもそれを笑って楽しむ人もけっこういて、二重にがっかりでした。
アニメ自体の出来も悪かったので、こんなことならアニメになんかしないでほしかった――という苦い思い出。
この後、ファンも何となく
「この悪ノリを許せる・むしろ好き派（一々目くじら立てる方がダサい）」
「悪趣味すぎて無理派」
に分断させられた感もあって、それが一番イヤでしたね。

ある。映画化が発表されたあと監督交代が発表されたとき。監督してるアニメが劇場版やるのに監督降板するなんておかしくない？とは思ってた(表向きにはスケジュール都合と発表)
映画は爆死と言える数字だったし、なにこれって内容。製作決まってたから劇場版2作品作られたけど期待を超える数字にならず。

そのあとアニメ業界に入って事の顛末を聞いた。デザイン案の漫画家が何度もリテイクを出していつまでも先に進まない、キャラデザが決まってPV作ったあとにデザインの変更を強制するなどがあって、TVシリーズで演出をやってた人に監督交代したらしい。

今10数年ぶりに続編やってるけど別に覇権ってほど人気出てもいない。その続編も作るまでに漫画家はデザインの変更ずっと言ってきて、髪束の数やブーツの紐にもまでケチつけてきた。アニメで細かい紐の指定なんて無理だっつっても聞かないの。
好きな作品だったけど本当に冷めたわ。