やはり頑張ったからには当然主さんも評価されるべきだと思います。
自分は以前合同誌を制作した際に、同じように合同相手ばかり評価されてもう合同はやめようと思ったことがあります。
それから色々な誘いがありましたがすべて断っています。
拙くてもいいから、１からすべて自分で作って、評価をいただきたいので・・。

主さんは何のためにお相手の方と２人で作っていらっしゃるのでしょうか？
相手の方の紙面デザインに惚れ込んで、いいものを作りたい！と思うのなら
相手の方に自分も制作に加わっているのだということを改めて伝えてみてはいかがでしょうか。
二人三脚の作業なので、モヤモヤしたままでは毎回辛い思いをするだけかと思います。

それとは別に、同人誌を出したいけど１人じゃ不安だから一緒に作っているというのであれば
個人的にですがやめた方がいいのでは・・と思ってしまいます。
がんばって制作して評価されるのも同人活動の楽しさのひとつなので、
それを犠牲にしてまでもやもやした気持ちを引きずったまま同人活動をする意味が自分にはわかりませんでした。

２人で今後も一緒に活動するなら正直に言う、
言えないのなら独立して個人活動する。
我慢するのは一番だめです。趣味は楽しまなければ。