他は理不尽に可哀想なシーンだったりしますけど、一番最初の例はバランスが取れていませんか？
世●名作劇場みたいに不幸が重なってああもう見てられない！可哀想すぎるよ！といった物とは違い、このレベルですらキュッとなってしまうとなると結構厳しいです。
冷静に分けて考えて見ると、授業聞くのをサボる（行動で言えば悪）→当てられて焦る（悪行動の結果）→ミスして笑われる（悪行動への評価、反省）みたいなイメージで、こちらは理不尽では無いですよね？

あげたら落とす、落としたらあげる。大きな壁や葛藤するシーンは無くても、このどつき漫才のテンポさえ意識していれば面白い作品は描けると思いますよ。
モブの反応も「クスクス」といった嘲笑的な物ではなく、あははやっちゃったみたいなほんわかした雰囲気や世界観の漫画、私も好きです。

そもそもストレスを感じるような創作物なら、読んだり見たりする必要なんてないんです。

物語を楽しまないといけないなんて義務は消費者にはありません。
有名作品だから鑑賞しないといけない、知ってないといけない、読まなければいけない。そんなことは何一つないのです。

合わなかったら、そこで作品とは別れる。それでいいんです。

人間の精神は日々変わるものです。であるなら、今のあなたは消費者にストレスを与えることでドラマ性を高める作品が向いた状態ではないというだけの話なのです。

ですからドラマ性の少ない、けれども情動を刺激したり、何らかの印象を残すような作品を見て行けばいいのです。

例えば車窓を流すだけの番組、起承転結のない映画、穏やかな日常を描いた作品。セリフのない漫画や映像作品。踊りで表現された物語。
旅行を扱った番組やエッセイなど、多分探していけば色々と出てくると思います。

正しい意味での共感性羞恥が強いんだと思います。
自分も子供の頃そういう傾向が強かったです。今ではほとんど克服しましたが、今でも最後の「妖精などの説明できない存在がやった行為のせいで怒られる・恥をかく」は少し苦手です。(それと君の名はみたいな入れ替わり系で、本来の自分なら絶対しない行為を入れ替わった相手にやられて恥をかいたりする展開)

子供の頃はそういう展開が本当に苦手で、アニメやドラマでそういうシーンが来たときはチャンネルを変えたり耳を塞いだりしてました。でも毎回それをやってると話の流れがわからなくなったりして面白くないので、漫画や小説で少しずつ慣らしましたね。
そういう嫌なシーンが来たとき、ページを大きくすっ飛ばしてオチから読むとかしてました。そうするとほとんどはハッピーエンドだったり、恥をかいたり怒られたりしたことを後には引きずってなかったりするので、「あれ、そんな大したことじゃないのかも」と自然に慣れていきました。恥ずかしい目に遭っても後でちゃんと救われるんだと思うと平気になりました。
登場人物がみんな不幸になる胸糞系や、とにかく主人公への試練が続く小公女セーラタイプの作品はまた別ですが、それもそういうジャンルなんだと思うと平気になりました。「逆ご都合主義」なんだなと思えば冷静に見れます。

それとアニメやドラマと違って漫画や小説は自分のテンポでしっかり心構えをしてから読めますし、さらに小説のほうはあえて該当シーンだけ映像をイメージしないようにして乗り切ることもできるので、まずはそういう媒体で慣らすのがおすすめです。

トピ主ほど多くはないけど、ちょっと近い感覚あるかも
「本当は自分の責任じゃないことで誤解されて世間や周囲からバッシングされる」って展開がすごく苦手で、フィクションなのはわかっていてもそういう描写があるとストレスを感じる
トピ文の例でいうと、
・赤ちゃんや猫、妖精が落書きしたり部屋を荒らしたりして、その悪行を自分のせいにされ一方的に怒られる
が大人数からのバッシングだったら当てはまるかな
今はマシになったけど、子どものころはすごくストレスだった

対処法ってほどでもないんだけど、やっぱり年を取ってフィクションに触れる時の感情の起伏が緩やかになったのが大きい
あとは「これはフィクションなんだ」ってことを強く意識する　上の方も書いているように「こういうストーリーを書いた作者の意図は…」とか考えると軽減される気がする

コメントありがとうございます。
最近流行りのアニメをみていても、こういった言葉にしにくいエピソードで見るのを中断してしまったり、そのまま再開出来なくなったりして、昔よりも自分のそういった行動が悪化しているのに悩んでいました。

疲れているのかもしれないという指摘はその通りで、創作物に気持ちを取られると睡眠不足に直結するタイプです。
悪夢を見たり、ギラギラして何日もねむれなかったりします。
子供の頃とちがい、その状態ですごせないので没頭する心にブレーキをかけているのかも知れません。
ご褒美シーンがあるという考え方や、失敗しておいて良かったという発想はありかもしれないなと思いました。
どうにも味方から誤解されたり仲違いするという部分にストレスを感じるみたいで、シリアスも結構鬼門でした。

ストーリーを俯瞰でみる意識をもってみたいですが、ネタバレを先に読んだりせず、ただ物語に浸ってみたいと思う自分もいます。年々涙脆くもあり、連想ゲームのように考えてしまう思考回路から抜け出したいです。

たくさん教えてくださりありがとうございます。
ひとつずつ試してみようと思います。