その2.5が自分の中でどれだけ「公式」だと感じるかどうかにかかっているような気がします。
私は2.5は全く無理なので、基本的に2.5は漫画連載におけるゲームのような「派生作品」として捉えています。なので2.5で何かが判明しても、自分が本筋だと思っている作品に波及してこないかぎりは「公式」としては扱わず、なので呼び名も訂正しません。
でももしそれが「公式」だと思う方なのであれば、私なら「公式」で判明したタイミングから次の作品は呼び名を修正して、今までのはそのままにしておきます。その時は「こう呼んでいるんだろうなあ」と思って書いていたのだし、時期を見ればファンならわかると思うので。
連載中にキャラクターの過去が追加で判明して矛盾が生じても、今までの作品は修正しないのと同じような感覚です。

でもキャラたくさんのソシャゲは本当に呼び名問題大変ですよね……。シナリオ中でも会話しているのに全然呼んでくれないことも多いですし。お疲れ様です！

過去の作品は直さないですね。
他の方もおっしゃっていますが、投稿日時を見れば呼び方が判明する前だとわかるはずなので。

それに、わたしはそういう呼び方がわからない時ほど「AくんはCくんのことをなんで呼ぶだろう……？」って悩んで、ときには「Cくん」と「C」と「Cさん」と数パターン書いてみて自分の理想と解釈に合うものを選んで書いているので、例え後々公式で答え合わせがあったとしても、そのときの解釈を大事にしたいという気持ちがあります。

気になるようなら、キャプションに呼び方が判明する前の作品であることと、当時の解釈を大事にしたいという旨を書き加えます。

今後の作品は、特にこだわりがなければ「Cさん」にすると思います。

でも他の方がおっしゃっているように2.5って派生作品のひとつだし、原作者の監修が入っていない限りわたしはそれを「正解」とはしたくないですね。
2.5は観る人も限られてきますし………。

明確な「原作者」が存在しないソシャゲだと、この辺の感覚が違ってくるのでしょうか。わたし自身漫画ジャンルでしか活動したことがないので、頓珍漢な回答になっていたらすみません！