ご友人の「そういうのよくない...」がよくわからないです
「幸せにできる人はいるかもしれないけどそれでも二人で幸せになりたいと思う二人が好き」ってなんか良くないことなんですか？そうではない？
「自分のことでもないのに好きな人と結ばれてはいけないと思う」はカップリングをやる上でお互いを「好きな人」に設定してるから好きな人なのでは？公式カプなのか？と不思議に思いました。
ご友人がおっしゃったのは「捏造が良くない」ということでしょうか？それならカップリングにしなければ「そもそもお互いが好きな人というわけではない」ので好きな人と結ばれてはいけないも何もないのでは……
自分が好きな組み合わせで結ばせてはいけないのか？ならわかります
二次創作で何をしようと、原作の彼らには関係ないので、幸せにしようがなんなら不幸にしようがどこまでも二次創作者の心の問題でしかないので別に構わないんじゃないかと思います
二次創作者が幸せにする義務すらないのではないかと……
こういう姿が見たいと願うくらいしかできないのが常ではないでしょうか？

トピ主の推しCPがくっつくとよっぽどモラルに反した茨の道になっちゃうんですかね？
お互いに愛してる伴侶がいるのに推しCPがくっつくためにはその伴侶への愛がチープな偽物になっちゃうとか、伴侶を捨てる自分勝手な外道と化しちゃうとか…？
状況にもよるけど設定しだいでは推しキャラの根幹であるアイデンティティーまでブレちゃうとしたら、お友達の言う意味も一理あるなぁと感じる。
ただまあ二次創作自体が集団幻覚であって完全なる捏造なんだから自由に妄想を楽しんでいいとは思う。仮に公式CPを超健全に愛でたとしても素人の創作である以上は「ただの執着」なんだから、こっちの妄想なら正解であっちの妄想は良くない、とか誰が決めるんだっつー話ですよ。