ネットオークションは転売屋の温床だったり一般の目に晒される危険性などがあるので大体の作家さんが禁止していますが
同人中古店は暗黙の了解で許されていることが多いです。「処分する際は燃やすか同人ショップへお願いします」と書かれていることもあります。
なので大丈夫だと思いますよ。

わたしもよく奥付にネットオークション、フリマアプリ禁止と書きますが、中古店は全然問題ないと思っています。もちろんちょっとした悲しさはありますが笑