・建物の外観は、基本的には著作権等はないので、問題なく利用できます
・内観は、ドンキホーテが意匠権を有しているものもありますが、漫画での使用は問題ありません
・「ドンキホーテ」という名前には商標権を有していますが、漫画での使用は問題ありません
　ただ、未成年のキャラがドンキでお酒を買う、とか、ドンキで買った商品はすぐ壊れる、といった描写があると、クレームが入る可能性があります
　（これについては伏せ字していてもクレームが入る可能性は有りますが）
・ドンペンについては微妙なところで、目線よりもモザイクの方が確実な気もします
　カラーを変えるとか、明らかにドンペンじゃないパロディな描き方（ドンペンっぽいのを描いているのは伝わるが、ドンペンそのものではないとわかるような描き方）であれば、大丈夫だと思いますが、100％問題ないとは言い切れません