自分は年代的にもキラネームじゃないけどかなり珍しい名前ではある
お話的に寄ってたかってその名前をイジるとかじゃないんだし（自分も実際名前でイジられた経験はない、ただし読み違えは初対面の数だけある）
今この世に存在しなくてもこの先生まれてくるかもしれんし、まんまでも仮名にしてもどっちでもいいんでないかな…

ひらがなやカタカナにすると、むしろ被る率が上がるのでは？
読みを変えないのなら漢字を居なさそうな組み合わせにした方がまだ良いような

月宝石（るなてぃあら）→るなてぃあらは居るかも
玉桂輝石（るなてぃあら）→まず居なさそう

自分なら名前はそのままで、発表媒体に「作中はキャラ個人のコンプレックスであり、同名の方で自分のお名前を大事にしている方を悪く言う意図はありません」とか冒頭に書いとくかなぁ。
話のついでにちょっといじられる、とかじゃなくて話の主題っぽいし。

4と同じく注意書き入れてほしいな！
自分の苗字逆読みすると悪口になるのでそれをネタにしたザマァ系見た時（クズ悪役の立場）小さい頃からかわれたことを思い出して結構不愉快だったので…
トピ主みたいに配慮しようと考える人がいるのありがたい
注意書き書いてあるのとないのとじゃやっぱり感じ方はちょっと変わるので…

コメントありがとうございます。トピ主です。
表記の変更は演出意図的に違うところもありそうなので今回は注意書きで対応してみようと思います。他のコメントくれた方もとても参考になりました。ありがとうございました。