100%依頼ならまあそこまで問題が起きることはないのですが依頼と公募が混ざっていると事故率が上がる気がします…
公募100%は……基本上手くいきますがたま～にとんでもないことになります……

というのが最近見てきたアンソロの体感です。

多少のトラブルはあるかも知れないですね。
誰かが締め切りを守れなくて内容が削れたり締め切りが延期になったり頒布が遅れたりとか。
報酬や絹本も慣れてない主催だとトラブルの種です。
主催がしっかりしてるなら、基本そこまでのトラブルにはなりません。

空中分解ほどのトラブルはそうそうないです。
それこそ主催が問題児でワーギャー騒いで企画自体がお流れになったり参加者同士で揉めない限りは…
依頼された通りにトピ主さんが原稿やれば、基本は大丈夫だと思いますよ。

今まで色んなアンソロに参加させていただきましたが、一度もトラブルありません。
主催は大変かもしれませんが、主催がしっかりしていれば参加者が嫌な思いをすることはほぼないです。
参加者はアンソロの主題を守り（カプ違いを書かない等）締め切りを守って、返信をすぐしていれば大丈夫です。

オフ・オンいろいろなアンソロに参加させていただきましたが、トラブルに発展したのは1件だけでした。
そのアンソロは主催の普段の言動からして危ういなと思ってはいたので、案の定という感じではありした……。
直感的に「この主催はきちんとしていそう」と思えない場合は見送った方がいいかもしれません。
主催の方の言動をよくチェックしてから決めることをお勧めします。

トラブルというほどではないですが主催の一人が突然降りたり、どうも仲違いしたらしく残った主催がお気持ち表明したり、それを見て執筆者が数人辞退したり、このアンソロ大丈夫！？となったことはあります。一応ちゃんと発行されました。
その件以外は揉めた経験ないのでそんな頻繁に起こることでもないのかなあという印象です。
参加してみたい気持ちがあるならまずは参加してどんなものか経験してみるのもいいと思います。空中分解するようなアンソロはそうそうないだろうし、だからこそ話題になるんだと思います。