「時間をかけて制作して頂いた原稿に文句を言うのは非常識です」というコメがあったらトピ主さんはそれに従うんですか？
ご自身がどういうアンソロを作りたいのか、信念をもって毅然とした態度を貫くのも主催の仕事の一つだと思います。
ちなみに私なら指摘して再提出を求めますね。間に合わなかったり描けそうになかったら辞退しても構わない旨も書き添えます。ただ相手が厄介な方だとあることないこと喚いて辞退させられた！と言う可能性もあるのでその辺は気をつけてください。

アンソロや合同誌のコンセプトに合わないものを掲載するわけにも行かないですし、
原稿規定や募集要項もまともに読めない人を迎え入れても後々面倒になるだけ…ってのが個人的な経験です。

私であれば、規定にあったものを締め切りまでに再提出して貰えるかどうかを確認し、
間に合わないなら掲載することが出来ない旨を伝えます。
既に作ってしまった作品に関しては「ぜひ個人誌で発表して下さい」と付け加えます。

そういうテーマのアンソロでかつあらかじめ提示していたのなら再提出を求めるのは問題ないと思います。
再提出に応じてもらえない場合は辞退してもらう感じですかね。
そういうテーマのアンソロなのでその原作軸の作品は掲載しない方がいいです。トピ主さんの信用に傷が付きます。

skaoささ