普通に考えれば、嫌っていて関わりたくない人の作品をわざわざ紹介はしないと思うので、お礼を言うくらいは大丈夫なんじゃないでしょうか。

あとは、どういう方法で伝えるかになると思いますが…
なるべく、先方の負担にならない(返信したくなければスルーできる)方式が良いのかなとは思います。

もしトピ主さんがツイッターをやられているのでしたら、RTしてその後にお礼ツイートすれば、本人に直接宛てられてないという点で一番遠回しに表現できるのかなと思いますが…　ツイッターはされていないということなので、選択肢としてはマシュマロかpixivのメッセージかになるのでしょうか。であればどちらもそんなに変わらないのかなと思います。

ついでに、これは先方の感じ方にもよりますが…　あまりにもご自分を底辺と卑下したり、逆に先方を数(フォロワー数や影響力など)で見て萎縮してしまうのも重くなってしまう一因だったりしますので、いち作り手として、作品を楽しんでもらえたことは素直に喜んでいいと思います。
トピ主さんはその人のことで頭が一杯になっていると思いますが、先方は(良い意味で)そこまでではないと思うので、うまくいってもいかなくてもあまりご自分を責めずに、素直に気持ちを伝えればいいのかなと思います！

まあとはいえ、その人の気持ちは最終的にはその人にしか分かりませんので、あまりにも他人の気持ちを読もうとしすぎると疲れてしまいますしあまりいいことはないです。ほどほどがいいと思います。
今回のことも、トピ主さんが気づかなかった可能性も普通にあったと思いますし、気付いたとしてもフォロー外の人にどうしてもお礼を言わないといけない義務があるわけでもないです。でも嬉しかったからお礼を伝える、そのくらいの気楽さでいいんじゃないでしょうか。