無料だったら問題ないと思います。
自ジャンルにもBOOTHで電子書籍を無料頒布してる方は割といらっしゃいます。
別にpixivでも読めるのでBOOTHで頒布する必要性はないと思いますが、個人的にはpdfデータの方が読みやすいです。
逆にpdfだと読みづらいという人もいるかもしれませんので、手間でなければ両方ご用意なさってみてはいかがでしょう？

PDFで頒布できる、というのが一番の違いだと思います。
電子書籍アプリとかを入れてる人の中には、PDFで読むのが好きな人もいます。
フォントの種類やサイズもそうですし、行間などの表現もありまさに「本」を読んでる感じがするからです。

トピ主さんがそういうこだわりがない、読者にもこだわりがないのなら横書きwebページのpixivで公開すれば良いですし、少しでも本のように読んでもらいたいなら縦書きPDFとかで無料頒布すれば良いと思います。

してみたいならしたらいいですし、誰なんだかよくわからん人から叩かれるのが怖いならpixivであげといたらいいと思います。
公式から見たら冊子だろうがDL販売だろうが同じことなんで片方だけ叩く人には「根拠示せ」の一言で黙らせれますけどね。印刷費かかってるから見逃されてるとかの使い古された暗黙の了解とやらは正しいソース示せる人いませんよ。何故ならそんなことを明言してる公式は存在しないからです。
結論、やりたいならやる。よくわからん他人の顔色伺いたいならやめとく。これだけです。

無料なら大丈夫ですよ！
個人的にはwebイベント併せならpixivよりBOOTHの無料DLの方が嬉しいです。
pixivの閲覧って普段からしてるので、BOOTH経由でPDFをDLするという非日常感がイベントだー！って気分になれるので…笑

あと出した側の経験談なのですがPDFで無料配布して、そのまま読んでもいいし、コピ本形式がよかったらそのままプリンター突っ込んでホチキスしてねーってしたことあります。
ページ数次第ですがそういう使い方もできるのでBOOTH無配推しです。

ピクシブと同じでも問題ないと思いますよ。来てくれた人にだけ読んでほしいのであれば、イベント限定でネップリの番号やぷらいべったーのパスワードを配布するなどの方法があります
あくまで自分はですが、公式で認められているジャンルを除き、DL販売をしている人の印象は最悪ですし、そういう人の二次創作は読みません

皆様、アドバイスありがとうございます。
無料なら大丈夫、イベント感があるという意見が多くて安心しました。イベント楽しみます！