私がアンソロを作った時はそれぞれの原稿の内容を見て決めました。テーマ全体がそれならともかく、最初からどシリアスな重めの話とかだとちょっと読みづらいので、最初は作画クオリティも高めでとっつきやすい明るくてほのぼのした短めの作品を、逆に最後は重めや長めの読了後に余韻が残るような作品を配置しました。
中間はそれこそ右始まり左始まりなどのバランスを考慮しつつ、あとはなんとなくカンです笑

順番は作者名あいうえお順、小説と漫画混在の場合は小説と漫画それぞれあいうえお順で並べて、交互になるようにします。
以前並び順で贔屓だなんだと噛みつかれているアンソロ主催を見かけたことがあるので…。
また、左始まり右始まりの希望については偏りが出てしまったり、何かの拍子で順番が入れ替わってしまうと大問題になりかねないので、全員左始まりで指定してます。

編集が楽なのと締切破られても対処が楽だからという理由で、原稿が届いた順にやってる方がいました。
おおっぴらに公言はしてないので外からは分からないようにはなってましたが。

一番最初のコメント主に近いです。
最初はとっつきやすい、さくっと読めるもの。
後半はページ数も多く内容も少し重いものといった比重です。