二次創作のBLでもシリアスかコメディよりでも変わってくるかと思いますが、
私はシリアス一辺倒のBLを描こうとしたらどうしたらいいかわからないので全編没にしました。私に完全シリアスは100年早かった。
それから、テーマは同じだけどコメディ寄りのストーリーを練り直しました。受けがモブにいじめられるシーンを入れるつもりでしたが、萌えても書け無いのでそれも消しました。
全編没がもったいないなら、ストーリーとして綺麗なオチをつけるのは一旦置いておいて、
その二人が一ヶ月後や一年後どうなるか考えてみます。一年後なら結婚してるだろう、とイメージできたら結婚するなら何が起こるのかと逆算して、物語を探るのです。
別に時間飛ばして結婚でストーリーがまとまるならそれでもいいですしね。
後は二次創作なら、原作の重要なモチーフを持ってきてそれをストーリーで転がすのも良いかと。
参考になるか分かりませんが、応援してます。漫画原稿頑張ってください！

上記の内容から察するに、
「テーマに対しての二人の最終的な行動が決まっていない」
ということで良いしょうか？例えると、
「森に迷った二人が、出口を探すうちにお互いを意識する話を描きたい！」
と、思ったものの、お互いを意識するところまでは決まったが、
最終的に二人がどうやって出口を見つけるか、関係性がどう変わるかが決まらない…みたいな。

ありきたりな方法ではありますが、
『冒頭の関係性と真逆になるように話を進めていくとストーリー感が出る』
と聞いたことがあり、よく実践しています。
（私の場合は、ラストの状況を決めて、そこから逆算して話を作るんですが…）

あとは、本にするのであれば、とにかく読了感が良いラストにします。
その方が読み手の方の反応も良いので。

的外れなことを言っていたらすみません。
トピ主さんの参考になれば幸いです。