まず、トピ主さんがどういう動画を作ってるのか分からないので、具体的なコメントがしづらいです。
自分なりに思っていることを、正確な分析などではなく飽くまで印象論の粋を出ませんが全般的に書き出していきます。

■TwitterでバズりやすいMMD動画
◎：ファニー系
言ってしまえば、くすっと笑える30～60秒以内の短い動画。
SNS、特にTwitterでは長めの動画よりも手軽でさっと見れる短い動画が好まれる印象はあります。

△：セクシー系
いいねは出来てもRTしにくい、というので伸びはイマイチ。
ただ、やはりこういうのが好きな人はいるのでフォロワーは増えやすいかなー、と。
基本的に男性向けしかあまり見かけないですね。
よく見るのもサンプル動画で、本命は動画サイトへの誘導ということが多いです。

×：踊ってみた系
TwitterなどのSNSでは１分以上の長めの動画は受けない印象です。
そもそもTwitterでは2分20秒を超えてくるとアップロード出来なかったりもしますし…
アニメOP尺の90秒が限度かな、と。
飽くまでサンプルとしてアップして、動画系サイトへ誘導することしか出来ないと思います。
　
　　
■Youtubeで再生数が伸びやすいMMD動画
◎：踊ってみた系
モデルと踊ってみたモーションと音楽を合わせた動画です。
これは国なども関係なく見れるのもあって伸びやすいかな、と思います。
特に男性向けのセクシー系モデルを使った踊ってみた系動画は再生数伸びてる印象があります。
　
◯：ファニーシーン集
上記のファニー系動画をまとめて５分ほどの尺にした動画。
Youtubeでは短すぎる動画よりも、２～３分以上のある程度見応えのある動画の方が好まれる印象はあるかな、と思います。
ただ、無声動画というか言語に縛られない表現が求められる印象はあります。
　
◯：シチュエーション系
ASMR音声と組み合わせたような動画。
例えば、耳かき系動画とかですかね。

△：セクシー系
なくはないですが、規制などで消されたりもよく見かけます。
上記のセクシーダンス系ぐらいがギリギリラインでしょうか。
セクシーシチュエーション系動画などはあまり見かけません。
　
　　
■ニコニコ動画で再生数が伸びやすいMMD動画
◯：踊ってみた系
Youtubeと同じ。
ただしニコニコは女性向けの男性モデルで踊ってみたなども多くアップロードされてる印象です。
　
◎：寸劇系
字幕や音声付きでの3～5分程度の寸劇動画。
古くからニコニコで愛されてきた類の動画ですね。
日本語字幕・日本語音声（ゆっくりなど）なので、Youtubeではあまり伸びないですが、ニコニコなら伸びやすい動画だと思います。
ただ、ニコニコ自体がいまかなり閑散としてきているので、この手の動画を作っても
TwitterやYoutubeで再生数が稼げないのもあり、モチベーションには繋がりにくいかなと思います。
　
◯：セクシー系
所謂、紳士向け。
際どい水着くらいであればセーフでアップされてる印象。
大半はセクシーダンス系ですね。
稀にシチュエーション系もチラホラ。
　
　
■成人向けMMD動画
具体的なサイト名は伏せますが、そういった動画は成人向けサイトでは一定の人気があるように見えます。
制作してるのは海外勢も多く、日本のMMDモデルを改変しているものもよく見かけます。
　
　
以上、自分なりの所感です。
トピ主さんが「こういう動画がSNSでは伸びるけど、動画サイトでは伸びないんです」という質問の仕方であればもっと具体的なコメントも付くと思います。
（身バレの懸念で書けなかったんだとは思いますが…）