個人の自由と言いながら整形についてここまで言及していると穿った見方をしてしまいそうになります。本当は整形が嫌だったのではないでしょうか？
人付き合いに「顔の美醜」は関係ありませんし、トピ主さんも「それはいい」とそこに価値観を見出さないていでお話ししているので、そもそも整形に言及する必要性もないなと感じました。
元々あった不満が積み重なって、整形に対しての無意識の嫌悪がきっかけになっただけに見えますね。こんな事もあるよね、と吹っ切れた方がいいですよ。
あと美容整形って現代ではさほどハードルの高いものじゃないです、レイヤーに限らず普通の社会人だってプチ整形ぐらいはしてる人も沢山いますし整形COしてる芸能人やYouTuberも支持されています。
別に顔が好きで仲良くしたわけじゃないのですから整形の結果を主観で否定せず、そういった価値観のアップデートはしていけるといいですね。

レイヤーさんにとって容姿は作品の一部という性質上、顔面のことが気になってしまうお気持ちは理解できます。
トピ主さんはここに吐き出されて、少し気持ちが整理できたのではないかと思うのですが、お話全体としては
・好感を持っていたAちゃんの悪い評判を聞くようになった
・トピ主さんもAちゃんの態度にうんざりするようになってきた
・Aちゃんの性格が以前と変わったように感じる
というように読めるのですが、トピ主さんはこれらの出来事がAちゃんの整形がきっかけだったのではないか、と思っていらっしゃるということでしょうか。
実際のところは私にはわかりませんが、トピ主さんがAちゃんと性格が合わないと感じているのは事実なので、フェードアウトしようと思っているんですよね。

整形とかレイヤーに限らず、仲良しだった友人が変わってしまった、話が合わなくなった、ジャンルの切れ目が縁の切れ目、など私にも覚えがありますが、仕方ないとわかっていても、その度ごとに戸惑うし落胆します。
良い思い出のある友人ほど、決別する時はつらいですが、うまくフェードアウトできるといいですね。

・整形したことでコスプレや自分自身に自信を持ち、もっと活動したくなった
・友人からの距離感を感じた寂しさもあり、トピ主さんにそのコスプレ熱意をぶつけてしまった
この辺が、トピ主さんにグイグイ来た理由なんじゃないかなー、なんて。

そのAさんについて言われていることが本当であれば、やや人間性に難ありな方なので他の人同様に距離おいた方が無難だなぁとは思いますね。

なんていうか、良かれと思って絵柄を変えたら「前の絵柄の方が良かった」て言われる絵描きの気分をふと感じました…ｗ
整形がテーマであれば、コナンのキムタツ回とかまさにそんな感じでしょうか。
自分の周りには整形した人はいないので、もしいたら「え、前の顔の方が良かったのに…」なんて自分も思っちゃうかも知れないですけど。

似たような経験をしたことがあるのでコメント失礼します。

何人か知人が整形をしていて、その中にはレイヤーもいまく。
私は、整形を好意的に見ています。私も歯科矯正をしているので同じことだよなーって感じで。
ただ、何人か見てきた中で、整形をするに至る方は容姿へのコンプレックスを拗らせている方が多いと感じました。整形により容姿へのコンプレックスが無くなったことで、これまで抑制されていたものが解放されて性格に変化が出る方は少なくありません。
良くいえば｢自分に自信を持てるようになった｣、悪くいえば｢気が強くわがままになった｣、そんな変化をした方を何人か見ました。
レイヤーの知人で整形をした方は、元々一重の目にコンプレックスがあり、レイヤー活動にのめり込んだのもコスプレメイクなら容姿を褒めてもらえるというのが理由だったようです。
しかし、二重整形をした結果、キャラクターに応じて二重幅を変えたりするようなメイクができなくなり顔の再現度がかなり落ちました。そのためかなりファンが離れてしまったそうで、今はレイヤー活動はおろかオタク趣味の一切をやめてしまっています。彼女の中では｢オタクが嫉妬して叩いてきた｣ということになっているようで、Twitterを見ているとオタクsage発言が今は非常に多いです。

顔に目立つニキビがあれば顔を上げたくなくなったり、メイクの調子が良ければいつもより堂々と街を歩けたり、そんな経験は誰しもあると思います。
容姿は精神に影響します。その変化が急激であればあるほど精神への影響もきっと大きいです。
そのご友人の変化は残念ですが、仕方の無いことと割り切って距離をおくよりほかなさそうですね……