リバ民は辛いですよね……
赤ブーだと｢リバはどちらかを受けに決めてABかBAどちらかで申し込み、サークルカットでリバと記載する。A(B)中心はカップリング要素･性表現無し扱い｣が基準なので、ルール通りにするならABかBAで申し込むことになると思います。
運営の定めたルールがこれなので、固定派から文句を言われた際に｢正しさ｣で対抗はできるかと思います。(攻撃を受けないかどうかは別として)
配置がどうなるかはジャンル規模にもよります。
過去に小規模ジャンルでABで申し込み備考欄にリバであることを記載した際、ABとBAの境目に配置されました。
また小規模ジャンルですとリバ関係なくABのとなりにCAが来たりすることもあります。
大規模ジャンルで同じようにAB備考にリバ記載で申し込みした際はAB配置の端(隣にB受け他カプ)になったこととAB島のど真ん中になったことと両方あります。
あとはAB配置で申し込み、ABだけどリバ耐性のあるサークルさんと合体参加したこともあります。これなら片方は少なくともリバ耐性のある方になるので。

＞また、CDで出てサブとしてABA本を置こうとしたのですが、CDは左右固定なのにAとBだけABAなんだと思われないか心配です。
これについてはそこまで心配しなくてもいいと思いますが、もし普段書いている量がABA8割CD2割など圧倒的にCDを書いている量が少ない場合、CDの人からよく思われない可能性はあるかもしれません。

誰も不快にならない配置になるのは不可能です。そもそも同カプでも苦手なサークルさんと隣合う配置になってしまうときがありますし。
なので私なら、比較的固定派がすくなそうなBAで申し込み自分が我慢する道を選ぶと思います。

これは一度サークル参加した上で嫌がらせを受けた場合のみですが、万が一ABで申し込みしてリバだからと嫌がらせ等を特定のサークルから受けた場合、備考欄にその旨を記載すれば配慮はしてもらえますよ(必ず、ではありませんが)。

参考になれば幸いです。