様々な理由があるでしょうし、どのように選ばれているかは正式には公開されていないはず。ただ、公式も言っていますが、明らかに落選するのは書類不備や記入漏れだそうです。コミケは申し込み時に記入項目がけっこうありますが、しっかりと漏れがないかを確認し、丁寧に記入したほうがいいです。あと、これは過去にアンケート書類のチェックをしていた経験からですが、文字の記入部分よりも○をつけるべきところが抜けているというのが多かったので、そのへんも注意したほうがいいかもしれません。

いずれにしろ、書類不備以外の落選理由については明確じゃなくどうしようもないので、書類だけはしっかりなんども確認したいところですね。

毎年、だいたい35000サークルが当選し、応募はだいたいその1．５倍くらいだそうです。なので倍率自体はそこまで高くないんですよね。
書類不備で漏れるのは、落選のうちの１割ほどしかないようなので、それ以外は抽選ですね。
もちろん、なかには過去に悪質なことをしたり、規約違反を犯したりしたサークルなどもあると思うので、そういうのは優先してはじいているでしょう。

当落については、完全な抽選ではないはずで、上位の有名サークル（毎回壁だったり頒布数がかなり多いなど）は当然優遇されています。集客力があるのであたりまえですよね。
一方で、多少有名くらいだったら普通に他のサークルと同様通常の抽選枠になるかと。

あとは、有名無名関係なく、ボランディアスタッフをしたり、なにかしらコミケ運営に貢献したサークルには青封筒が渡されたりするようです。自分も過去にもらいました。
青封筒経由で応募すると、100パーセントではないですがほぼ確実に当選します。

ただ、数は限られていますし、そういった優遇枠は全体のごくわずかなので、ほとんどは抽選です。
なので、当落を考えすぎず、書類はしっかり記入する、規約をしっかり読むなどできるところをちゃんとやるのがいいと思います。