後で暗い色を全体にのせて加工すればいいのでは

肌の色を変えると思うと抵抗があるかもしれないので、
いつも通りに塗る→最後に加工用のレイヤーで調整するのはいかがでしょうか？

例えばエモい雰囲気の出る夜の月明かりの逆光絵とかって、そのまま肌のスポイト取ると「灰色じゃん！」って思っちゃったりしますよね。夕焼けに照らされる推しも色だけ取ったら「オレンジじゃん！」みたいな。でも全体で見るとすごく雰囲気が出てたりしますよね
なので元イラストの色を変えるのは勇気がいるからいつも通り完成した後で、上から加工用のレイヤー被せちゃえば気軽に見比べられるし挑戦もしやすいかなって。

根本的な解決じゃなかったらすみません！

自分も悩んでいることなので大変共感しました。
いきなり肌色じゃない色で塗ることに抵抗があるのも、とても共感しました。

以下、自分なりにやっていることです。
・他のコメントでもありますが、まず肌色で塗ってから、乗算レイヤーで暗めの色を乗せてます。
・肌色と他の色(渋めの色とか寒色系とか)をぼかし機能で混ぜた色を作って、肌の色に使っています。
・色を塗ったレイヤーを統合→複製→グラデーションマップで加工→乗算やスクリーンのレイヤーに変更して色を乗せています。

全体を使いたい系統の色
寒色系なら寒色の色、例　青とか
暖色系なら暖色の色、例　赤とか
で全体を塗ってしまう。その後に合う肌の色とかをのせていく。
やってみたい色を塗っている人の画像を見ながらバランスの色を置いていくと結構何とかなったりします…！

練習でスポイトで全部取って自分の絵で塗ってみるのもおすすめです。

個人的にやっている手法なのですが、
雰囲気に寄せたい色で一旦画面全てを塗りつぶし、その色のトーン(彩度・明度)に近い範囲で肌や服のベース色を選んでみるのはいかがでしょうか？

ベースのキャンパスが白だとどうしても固有色置きたくなっちゃうのと、白地に普段使い慣れない色を使うと他がどうしよう...と悩んで手が止まってしまいがちなので、先にガイドとして全体の印象として見せたい色を置いてしまうという作戦です！

私も普段柔らかい色を選びがちなのですが、雰囲気を変えたい時はこの方法を使っています〜！

普通に塗ってグラデーションマップなどで加工してごまかす。
全然違う肌の色塗ってる人もほとんどがいきなりその色を使ってるわけじゃないと思いますよ。
最初は普通に塗ってあとから加工を重ねていくうちに最終的にその色になってるのがほとんどかと。
アナログならともかくデジタルなら。

肌は固有色寄りがちなので、逆に下塗りの時点で緑とか青とか塗ってます
上から薄く塗り重ねると肌の色に奥行き出ますし、そのまま進めていくと暗めで面白い色になるかと思います
思い切って下塗りでありえない色を塗ってみてはどうでしょうか？