一次創作の端くれ者です。

少し回答がズレてしまいますが、【人間に害のある未知の生物vs超能力者的】とのことなので、
まずは「両者が戦う理由、・目的」を確立させると自ずとどっちの世界観の方が良いか・やりやすいかが見えてくるのではないかと思います。

例えば「超能力者は、人間を守るために戦う」という目的であっても、世界観によってやや目的が違うと思います。
また悪役の目的も、人間を滅ぼすのが目的がそうではないのか、その目的のためにはストーリーや悪役的には人間は多い方が良いのか、少ない方が良いのか（悪が引き立つか・書きやすいか）、等を決めると世界観が見えてくる気がします。

日常生活を少しでも描きたい、という気持ちがあれば、人知れず戦ってる世界観（一見平和？な世界）の方が書きやすいかなーと思います。
人がほとんど滅びてる世界だと、学校や街を出すにも「どれくらいの人間がいて」「どれくらいのインフラが動いてるか」等考える必要がある気がします。
（その辺りはなあなあでもいいと思いますが、人類がほぼ滅んでいるなら、「普通の世界よりもヤバイ！」という状況を描写した方が説得力あると思います）

ご参考になれば幸いです！

人類がほとんど滅びている場合
■メリット
キャラクターが少ないからこそ、人物同士の関係性をじっくり描ける。
シリアスなアクション物だと読者に伝えやすい。

■デメリット
今の世相とかぶるので、読むのを敬遠される可能性がある。
崩壊後の世界観を作中で説明する必要があるので、結構な量の設定を作り込む必要がある。
説明文が増えがち。

人知れず戦っている場合
■メリット
日常シーンと戦闘シーンで場面のメリハリをつけやすい。
現代物だから書きやすい（＝想像しやすい）

■デメリット
よく見かけるパターンなので作品が埋もれやすい。

人知れず戦っている場合の方が書きやすそうだけど、人類が滅んだ世界でも学園モノはやろうと思えばやれますよ。すごく狭いコロニーのなかに学園作るとか。

とりあえず両方書いてみて、どっちが書きやすいか試してみると良いかも。
案外書き始めるとキャラが動いてくれることありますよ。

コメントを頂きありがとうございました。
とりあえずの初期案としては、敵種族は人間を主食としており、全体的にシリアス調にしたいと考えています。なので世界がほぼ滅んでいる設定の方がそれらしいかなとは思っていました。
ただそうすると敵種族は人間を食い尽くしたらどうなるのか？という問題が発生するので、その後のことを考えるか目的を変えるかするべきかなとも考えています。そうすると確かに敵種族の目的はかなり大事ですよね。
学園というか、養成所？みたいなものを用意すれば多少は日常生活を書けるかなぁと思ったり…。

これまで二次創作しかやったことがなく、一次創作の難しさを痛感しております…なんとか頑張ってみます。ありがとうございます！