幼少期からパソコンに親しみ、遊びとしてネットサーフィンを覚え、神々のイラストサイトに憧れてサイトを作るようになったのが始まりだった……と思います。
一応身近にアドバイスをくれる人もいましたが、1から10まで教えてもらったというより、自分で試行錯誤する術をメインに教えてもらいました。
その方法は、「ソースを見る」です。基本PCでしかできないことなのですが、chromeだと上のバーから表示→開発/管理→ソースを表示、で見られるページになります。
いろんなサイトを巡って、「このデザイン好きだな」と思ったらソースを覗かせてもらって、コピペで自分のサイト上でこっそり再現していじくりまわして、試行錯誤する。そうやって身につけていきました。
どのようなページが必須か、という質問にも通じると思うのですが、見よう見真似でやってみるのは大事です。(※もちろん丸パクリはいけません！)

私は今もサイト運営している身です。サイトのアクセス数は毎日500~800ほどで、宣伝などを兼ねてtwitterやpixivも多少は動かしていますが、サイトからはまだまだ離れられません。
毎日500~800人がサイトを見に来てくれているのは自分でも驚きです。だって私の作品しか置いていない場所なんですよ？
これはpixivなどでは得られない静かな自信に繋がっています。

そして自由な表現方法がとれるのがサイトの良さだと思っています。
展示方法を好きなだけ選べます。絵と文章をどう見せるか、どのような視覚効果を狙うか、自由自在です。見てくれる方へのプレゼン方法の自由度が段違いなんです。
リピーターさえ増やせば、サイト上で自分の作品をどう見てもらえるかのプロデュースが可能なんです。
正直道のりは長いですが、私は今現在でも奥深くサイト運営を楽しめています。参考になりましたら幸いです。

知識はありませんでしたがネットのHTML講座などで勉強しつつ見よう見真似で作りました。10年以上前のことで、それで満足してしまい知識をアップデートできなかったので、wordpressとかphpとかさっぱりで、使いこなしてる個人サイトを見るとすごいなと思います。

注意書きは、私のサイトはindexに「個人サイトです」「◯◯を取り扱っています」のような一文、ページ下部に「公式とは一切関係がありません（例）」という注意書きを入れていますが、最近はワンクッションのないシンプルな個人サイトも多いように見受けられます。
もし二次創作がメインであれば検索避けのmetaタグは入れた方がいいと思います。当初はおまじない程度と言われていましたがどうやら効果があることが最近判明してたと記憶しています。

問い合わせは少なくとも不具合報告や緊急連絡等のために匿名のメッセージツール（一言用メッセージフォーム、拍手やマシュマロなど）があれば問題ないと思います。
メールアドレスをそのまま置いてしまうと変なところから変なメールが来たりするので、アドレスを画像にして貼り付けている人もいらっしゃいますね。

個人サイトはとにかく自分のペースで自分の好きなことを自分の好きなようにできる、が最大のメリットだと思います。SNSと違って他人の作品が一切目に入らないのも大きいです。他人のペースに左右されずに好きなことをできるのは落ち着きますし、反応をいただけることもたまにあって、そういうときは本当に嬉しいです。
私のサイトの自慢は、自分の作った素晴らしい作品がいっぱいあることですね！

拙い内容になりましたが参考になれば幸いです。
個人サイト作り応援しています！

個人サイト全盛期からずっと運営を続けている者です。

サイト制作に関する知識は、最初は全くなく、HTMLとは？index.htmlってなに？からスタートしました。
当時はブログサービスもなかった時代でしたので、参考書を買ったり周囲のエンジニアに教えてもらいながら手打ちでコードを書いてなんとかサイトを構築しました。
ちなみに、その知識のおかげで、今はweb関連の仕事に就くことができています。

自サイトにはトップページから「このサイトについて」といったリンクを設けて、そのページ内で二次創作作品を扱っていることやリンクは自由だが著作権を放棄していないことなどを注意書きしています。
現在のサイトにはWordPressを導入しており、そちらの検索避けがかなり強力なので、支部などのプロフから辿る以外は辿り着けないようにできています。

問い合わせに関しては、WordPressのプラグインで作るメールフォームを設置しています。
活動スケジュールについての質問や、本の感想などをお寄せいただいてるので、やはりお問い合わせ先は掲示した方がいいと思います。
メールフォームでなくメールアドレスや、Twitterのアカウント、マロなどにリンクするのも昨今の時流的にはアリかと思います。

自分は個人サイトの他にTwitterも支部も全部同時に運営していますが、個人的には、個人サイトへの流入を望むならSNSも多少は運営していた方がいい、と思います。
サイトだけですと、やはり閲覧は多くは望めません。
自分は検索よけもしているので、なおさらです。

一方、支部のように、小説は小説、絵関係は絵関係と分ける必要もなく、自分で描いた漫画とSSを同じページに載せたり、ゲームを作ってリンクしたりといったことが可能な点は、個人サイトのメリットです。

ただし、サイトだと、作品のストックは支部よりも高確率で見てもらえます。
古い作品まで見ていただけたり、一つの作品を日参して閲覧していただけることもあるので、ディープに好きになってくださる方と個人サイトは相性が良いように思います。
また、評価システムや他人の作品が一切ないことで、ただ原作(一次なら自作品)が好きだという気持ちだけで創作できるというメリットがあります。
評価や閲覧数などを見ずに作品作りができることで、余計な悩みを抱えてモチベを削がれることなく活動できるのはとても嬉しいです。

一次ですが

どのようにホームページを作成したか、元から知識があったのか、なくてもできたのか、勉強して作ったのか → ㌨でサイト作ったら元からソースあって知識一切なくてもノリでいけました 一回㌨で作ってみて、ソース引っ張ってくるとかしたら楽勝なんじゃないでしょうか…？引っ張れなかったらごめんなさい
・注意書きや問い合わせなど、どのようなページが必須か、またはあった方がいいか→ジャンルの他の個人サイト見るのが一番だと思いますが、個人サイトがないなら普通に他ジャンルのでもいいと思います 注意書きと問い合わせはあっても良いと思う

個人サイトは可愛くて楽しくて最高
見てもらうつもりで作ったら死ぬけど、自分で自分の作品たちを愛でる分には一番良い環境だと思う
自分の城を建設するつもりで頑張ってください〜私も二次創作のサイト作ろかな！

私も個人サイトに憧れて、去年の年末に二次創作サイトを作りはじめました。
CSSやHTMLの知識ゼロから始めましたが、素敵なテンプレートサイト様のお力をお借りしつつ、思い通りいかないときはネットで調べつつ、という感じでトライ＆エラーの連続です。「なんでここが上手く表示されないの!?」という箇所を自力でなんとかできたときはものすごい達成感を得られます。
まだ凝ったものは作れないのでサイトの構成はすごくシンプルです。トップに注意事項、連絡用フォーム、更新履歴、作品置き場へのリンク、みたいな感じです。
それから他に日記を併設しています。自ジャンルの感想の他にも読んだ本とか食べたおやつみたいな日々のどうでもいい雑談もできてすごく楽しいです。
Twitterではあまりジャンルに関係ないこと話したら迷惑かな……とかかなり気にしてしまって窮屈だったのですが、サイトは自分の城なので（公序良俗や常識の範囲内で）自分の色を出せる、自分のキャラをさらけ出せるのがすごく新鮮……。
個人サイトを作ったお陰で、あまりTwitterのことで悩まなくなった気がします。
あとは作品置き場がスカスカだと淋しいからもっともっとたくさん描くぞー！と創作意欲が湧くのも、個人的にはサイトのいいところかもしれないです。

参考になるか怪しいことばかりですが、どうぞトピ主様も良き個人サイトライフを！